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问题 老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

...s/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes.list -spid new_ID2.txt -unigenel  foxtail_millet.GRASgene.uniq.list -fam GRAS得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,为 ， 得到的PAV_gene.list就有1970条，但GRAS133一会就有没有数据了，都是空白的， 之后作图，...

文章 Orthology 定义

...因又都为直系同源关系。为区别此类直系同源关系，Deway 2011年建议了位置直系同源 (positional ortholog)，特指位于保守基因座位上的直系同源基因。 在Fitch列举的例子中，旁系同源关系 (α- 和 β- hemoglobin) 存在于同一个物种中；直...

文章 生物专业很惨？这位生物学家被诺奖提名155次，从未获奖!

...化学奖、文学奖已经公布， 还剩下和平奖和经济科学奖2项没有公布， 对于学霸姐姐来说，最最关注的奖项都已经都出炉了， 你们最关注的的是哪个奖项呢？ 虽然诺贝尔奖每年都会颁发生理学或医学奖， 但是不可否认的...

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...比例 (default: 0.1)     -m 组装转录本的最小长度 (default: 200)     -o 组装转录本的GTF注释文件 (default: stdout)     -a 连接位点锚定序列的最小长度 (default: 10)     -j 连接位点的最小覆盖度 (default: 1)     -t 基于覆盖度对预测的转...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...nager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中，最新的癌种中文与英文对照表如下：   Study Abbreviation Study Name 翻译 TCGA-LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓性白血病 TCGA-ACC Adrenocortical carcinoma ...

文章 人源化抗体包含哪些？义翘抗体人源化服务简介

...起人抗鼠抗体（HAMA）反应， 导致抗体半衰期缩短（不到20 h），治疗效果减弱。利用DNA重组和蛋白质工程技术，对抗体基因进行重组，可在保留鼠源抗体对抗原有效结合部位的同时最大限度地降低非结合部位的鼠源性。这种通过...

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...件，即各差异组合差异基因的差异倍数，如下所示： log2FC          Group-0.003569046    SR58-1-0.033401692    SR58-1-0.00595792     SR58-1-0.126160677    SR58-1-0.003569046    SR58-10.062951504     SR58-1-0.085369416    SR58-10.061838866     SR58-1-0.0066...

文章 2019年国自然结果分析，生命科学领域难度又又又增加了吗？

...全国共有1400多家单位申报的项目获得立项，立项总数超42000项， 不过绝大多数单位获批项目数少于50项。 上海交通大学依然高居第一! 不得不说，上海交通大学真的是很牛啊，总立项数高达1194项，项目总金额达到6.4亿元，毫...

文章 R markdown 常用设置

...设定，“（）”内加入参数就可以对整篇报告进行设置 2.如果希望代码用R的大于号提示符开始， 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。 3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段， 使得代码段格式更符合规...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID my %keep = (); open IN, "$ARGV[0]" or die "$!"; while (<IN>) { chomp; next if /^#/; my @a = split /\t/; $keep{"$a[3].1"}=1; ##注意提取第一个...

问题 老师您好，我问过我们这边的一个老师，他是直接用的我的plink_pca.eigenvec文件直接在R绘制的，并且没有用我的分组信息，直接PCA就可以做出来图，他说可能是我的分组有点问题，但是我用这个分组可以完成进化树和structure绘图，做PCA的图却只有框没有点

...II6AsiaII6 Unknown_AQ498-01R0001indigenousAsiaIAsiaI Unknown_AQ498-01R0002 indigenousChina1China1 Unknown_AQ498-01R0003indigenousAsiaII1AisiaII1 Unknown_AQ498-01R0004indigenousAsiaII2AsiaII2 Unknown_AQ498-01R0005indigenousChina6China6

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

今天给大家分享一篇基于26个玉米泛基因数据进行的基因家族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次...

文章 这种机器学习算法已经在微生物分析中成功应用

...的大热，机器学习也成了各路报道里的常见词。其实早在2012年《Nature》(Yatsunenko et al., 2012)上就有文章证明了某种机器学习算法能够对微生物群落样本进行有效且准确的分类，并且可以找出能够区分组间差异的关键成分（OTU或物...

文章 批量邮件推送python代码模板，可支持html邮件格式

..."***********"   #密码sender = 'XXXX@biomics.com.cn'receivers = ['XXX3@126.com',"xxx@biomics.com.cn"]  # 接收邮件，可设置为你的QQ邮箱或者其他邮箱#创建一个带附件的实例msgRoot = MIMEMultipart('related')msgRoot['From'] = Header("组学大讲堂", 'utf-8')msgRoot['To'] =...

文章 泛基因组可视化

...8.paths.fasta 结果图如下，只是展示很小一个地方的情况：2.SequenceTube使用： 这个工具是一个网页工具，默认端口是3000；先把要展示的数据文件链接到他的安装目录中的exampleData中，再启动服务就可以可视化查看感兴趣的位点了...