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问题 老师，请问做共线性图只得到半圆，是什么原因？谢谢！

染色体数据、ID都对应，得到的共线性图也都包含这些染色体，为什么是半圆，请问是不是配置文件没做对？1630307487(1).png1630307621(1).png1630307669(1).png1630307727(1).png1630308394(1).png1630308440(1).png5bb552e4908b4b5c43a36aee4bdfff8.png

文章 外源插入流程报错运行不了

...，将其加到环境变量即可。 EA-utils是一个用于Illumina测序数据分析的开源软件包。它包含了一系列命令行工具，可以用于质量控制、去除低质量序列、去除接头、序列比 对等一系列数据分析任务。

问题 WGCNA分析，计算了软阈值，为什么powerEstimate没有提供估计值？

如上图所示，当软阈值等于32时，R2等于0.8，但是对应斜率在-1.34，这样的取值合理么？我知道最佳的阈值的选择要求R平方在0.8以上，斜率在-1左右，但是对于有些数据无法兼顾到这两点。这两个标准，哪个更重要一点？

文章 quota 显示的space 与du显示的不一致，导致文件上传失败

这是因为你在docker容器里面删除数据，容器一直挂在后台导致quota没有及时更新 应该及时清除容器，这样quota才刷新存储限额： docker rm -f $(docker ps -qa)  #删除所有容器 参考：https://unix.stackexchange.com/questions/156897/why-does-du-...

文章 TCGA临床数据各列含义

TCGA 临床数据各列解释：  Property name Description kind The resource type. aliquots[] List of barcodes of aliquots taken from this participant. clinical_data The clinical data about the participant. ParticipantBarcode Participant barcode. Project Project name, .eg. “TCG...

问题 所有基因都只含一个相同的结构域，没有其他结构域了

从pfam找到基因家族的HMM模型，搜索物种的蛋白质数据库，得到了10个该基因家族的基因， 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测，发现，这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域，没有包含其他的结构域了，这正常吗？...

文章 组学生物招贤纳士！

...检测、个性化医疗以及分子标记辅助育种；二是以生物大数据处理技术为基础的生物信息学技术推广和相关培训。 组学生物具有一支从事基因组学、遗传学及生物信息学研究的7年以上工作经验的高技术人才队伍，硕士以上学历...

问题 WGCNA hub gene的解读

...芯片里面都是癌的样本，然后我把这些样本所有基因表达数据都用来构建WGCNA，分了模块之后，跟临床远处转移的性状关联起来，得到跟性状关联的模块，然后根据GS＞0.2，MM>0.8的条件筛出模块hub gene。但是，我回过头来看。发...

文章 JASPAR网站预测启动区域有那些转录因子结合位点

...序列，点击“Scan” 运行 结果如下： 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

问题 无参转录组GO和KEGG富集分析如何实现

...集分析呢？在看clusterprofiler进行富集分析的时候需要两个数据，一个是gene id ，另一个是org.***.eg.db注释文件，或者是非模式生物但是有参考基因组的情况下，可以用AnnotationHub查询到参考基因组的注释文件。我的问题是没有参考...

文章 hmmsearch寻找相似序列

...核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。 再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下： hmmsearch --domtblout Ensembl.txt  PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01...

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...于比对问题导致KaKs_Calculator计算不出结果。 下载安装和数据准备 ParaAT2.0下载 ParaAT下载地址为：https://ngdc.cncb.ac.cn/tools/paraat“ParaAT.pl”是运行的脚本，下载解压后就可以直接使用。可以把解压后的路径加入环境变量，或者用脚...

文章 windows安装Aspera Connect软件

Aspera Connect软件是NCBI提供的可快速上传数据的软件，下载地址：https://www.ibm.com/aspera/connect/ 1.下载安装 打开后界面如下： 点击下载后，跳转到下载位置： 选择合适的版本，下载： 然后来安装Connect，会下载一个.msi结尾的文...

文章 大专、本科、研究生......你知道你的学历超过了多少人吗？

...自己的学历感到自卑， 那么，希望你能在看到以下这些数据之后的某一刻感到自豪。 如果你是博士： 中国人口接近14亿（2017年数据为139008万）， 全国博士仅有80万（1978年至2017年之和）， 这个比例仅仅只有万分之五点七...

文章 Evolview：进化树设置标签的背景颜色

...Annotation upload → upload data for leaf background colors，填写相关数据后提交。 命令格式说明 设置语句包括3列：location，color，commands，由制表符分隔。第三列可有可无。 l  第一列：可以是一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点 ...