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问题 老师，您好！想请教一下，这几个问题纠结了一个月了，麻烦老师了。

...区是现在注释本的5UTR内。 最后一个就是哪里或哪个数据库可以调取hg18版本的基因组注释。 老师，这几个问题我纠结了一个月，麻烦您了，万分感谢！

文章 蛋白结构预测

...： 线程: I-TASSER首先使用线程技术搜索已知蛋白质结构的数据库，找到与目标蛋白质序列相似的模板。这一步是基于蛋白质结构更为保守的原理。结构装配: 使用模板匹配的片段构建蛋白质的初步三维结构。模拟退火精化: 为了...

问题 老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

ding的SV数据.xlsx 表9-12应该是需要的SV文件;如何将4个exl变成vcf文件呢？

文章 进化树构建的方法及原理详解

...进来，作为外类群一同参与建树。 进化树的构建 （1）数据准备在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述不同物种或者基因之间的进化关系，通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构...

问题 在无参转录组中，如果之前有人鉴定过某一物种的转录组并为相关基因命名了，后人要沿用吗

在研究中，研究对象没有基因组信息，前人已经有人做过它的转录组并为相关基因命名了，但他没有上传序列数据到NCBI，我和他转录做的部位不同，我需要沿用他命好名的基因吗？如果需要，要怎么办啊？

文章 蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

...用其他金属离子进行纯化而非Ni2+。可以通过Hitrap IMACHP来筛选不同的金属离子。   6. 蛋白挂在柱子上洗脱不下来,怎么解决？   ①洗脱条件太温和： 如果洗脱条件过于温和，可能导致组氨酸标记的蛋白质仍然与柱子结合，因...

问题 有关MeV软件分析K-Mean clustering的问题

...中文版图文最好）。目前有以下两个问题： 1.怎样准备数据文件？例如，需要分析不同时间点的样品中基因，将表达模式相同的基因聚类到一个簇。有没有文件模板或者截图可以发给我一份？准备的文件只能是txt格式吗，excel表...

文章 群体遗传进化PCA分析

...ps_q20_loci.evec -v passing_snps_q20_loci.eval -p smartpca3d 重测序数据自主分析：https://study.163.com/course/introduction/1210221805.htm?share=1&shareId=1030291076群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

问题 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

...织中各基因的表达情况，看了些帖子说从GCD网下载RNA表达数据，或者从NCBI下载GEO芯片，请问有具体的视频操作吗？ 希望大家帮帮生信小白，给点建议，感激不尽

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

...可对样本进行分组的分类变量或连续变量以及样本的生存数据，如下列表格所示： barcodeTIMEEVENTIRPSSubtypeTCGA-E2-A158-11A-22R-A12D-07450017.53S1TCGA-BH-A0DD-11A-23R-A12P-072486016.79S2TCGA-BH-A1EO-11A-31R-A137-072798119.29S2 更多脚本参数设置及说明 初次...

问题 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？

在用TCGAbiolinks下载结肠癌RNAseq表达数据的时候，Rstudio代码如下： （Ubuntu 环境 Rstudio-server版本 ） library(TCGAbiolinks) query <-GDCquery(project = "TCGA-COAD", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expr...

文章 Linux主分区、扩展分区、逻辑分区 区别与联系

...无法直接使用的，必须在细分成逻辑分区才可以用来存储数据。通常情况下，逻辑分区的起始位置及结束位置记录在每个逻辑分区的第一个扇区，这也叫做扩展分区表。在扩展分区下，系统管理员可以根据实际情况建立多个逻辑...

文章 Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

...ance) 在生信行业中，经常会利用到上述聚类方法，对生物数据进行聚类分析，例如R 中常见的相关聚类函数的应用：hclust()参数method: "single" 最短距离法"complete" 最长距离法"median" 中间距离法(=WPGMC）"average" 类平均法（=UPGM...

文章 lncRNA与基因相互作用的研究思路

...析，基本上能够锁定关键的基因和lncRNA  如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网络分析》

文章 TCGA癌症数据库挖掘发表的大文章CNS级别汇总2019

TCGA Research Network Publications A comprehensive list of publications by The Cancer Genome Atlas program. This list is updated as the TCGA Analysis Network continues to study and mine the data. Cancers Selected for Study lists original marker publications by cancer type. Supplemental and ...