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文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

...2>1)的密码子如图:3. 在branch-site model中如何选择模型比较? (1)mosel A(备择假设) 通常与null model(fix-omega=1,omega=1)(零假设)进行比较,df=1;          model A还可以与site model 中的M1a进行显著性水平比较; (2)mos...

文章 Science:美国P4实验室“没过安全检查”,暂停使用......

...将生物实验室分为4个等级,简称P1、P2、P3、P4,按照安全系数分级,数字越大安全系数越高。 第四级即P4实验室是生物安全最高等级,可有效阻止传染性病原体释放到环境中,同时为研究人员提供安全保证。 P4实验室是干啥的?...

文章 4个样品重测序发PlosOne

...并对变异信息进行质控过滤,变异信息在染色体上的分布比较,统计信息;这些都是常规重测序变异检测分析内容; 重要的分析内容, 也是文章的亮点在于,作者额外鉴定了甜瓜基因组中一类疾病抗性基因家族(NBS),NBS基...

文章 GATK配置问题的解决

GATK是我们重测序流程中经常使用到的软件,他的下载比较简单,但是今天在配置的时候出现了一点问题 下载 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gztar zxvf gatk-4.6.2.0.tar.gzcd gatk-4.6.2.0 配置 ./gradlew bundle ...

文章 一个助你快速阅读英文文献的插件

前段时间编给大家介绍了一款一键下载文献的插件(Sci-hub button),用过的朋友都说好。但是把文献下载下来不是最终目的,读懂才是硬道理。想读懂英文文献,如果没有深厚的英语功底,那么只能借助各种翻译工具。今天...

文章 已知目标基因,如何进行局部共线性绘图?

...制的结果对布局文件进行相应的调整。如果大家觉得这里比较难以理解,不妨对照着后面的绘图结果进行梳理。 绘图流程 我们所说的局部共线性,也就是目标基因所在的染色体区域在物种间的共线性情况,所以我们需要所有...

问题 请问,做GWAS能用来找miRNA,RNA吗?怎么定位RNA呢?

文章 如何提升中项目型软件企业的项目管理能力?

...中谋求一定的市场地位,把握利好的产业发展契机。 如何提升中项目型软件企业的项目管理能力? 对于项目型企业,仅仅关注项目管理系统建设,还是无法获得综合能力的提升。因为单一的项目管理系统不能解决包括客...

问题 跟着课程跑了一遍BSA的结果,但发现输出图片的横坐标是固定的,只有40Mb左右,而我自己的数据中染色体有100Mb左右,输入后会报错,想问一下有没有办法调整这个宽度?

文章 细胞培养那些坑:细胞长得慢、不贴壁,还有救吗?

... 问题一:细胞生长缓慢 细胞长得慢是细胞培养过程中比较常见的问题,一般来说,细胞活力和浓度一直是细胞健康的标志,细胞长得慢的话,活力和浓度可能都会直线下降。 造成细胞生长缓慢的主要原因及解决方法: 1,...

文章 Beta多样性分析

...究认为NMDS的效果优于PCA/PCoA。检验NMDS结果的优劣用胁迫系数(stress)来衡量,此值越越好,当于0.2是可以用NMDS的二维点图表示,当stress<0.05时具有很好的代表性: 注:stress值越越好UPGMA聚类分析 基于以上方法分析得...

文章 当下,转录组文章怎么写?

...一起探讨下这个问题。《BMC Genomics》这个期刊大家应该都比较熟悉,14年以前向该期刊投转录组类文章还是比较容易的,后来也就越发困难了,那么这篇文章都写了些啥内容呢?下面就让我们一起来看看。 材料与方法: 该...

文章 进化树构建方法及原理

...且恒等的。 UPGMA法计算原理和过程: ①以已求得的距离系数,所有比较的分类单元的成对距离构成一个t×t方阵,即建立一个距离矩阵M。 ②对于一个给定的距离矩阵,寻求最距离值Dpq。 ③定义类群p和q之间的分支深度Lpq=Dpq/2。 ...

文章 蛋白纯化过程中的七大常见问题详解

...大常见问题详解:   1. 通过 His 标签纯化的蛋白,杂带比较多,如何改进?   ①若纯化的是上清液,蛋白酶可能会对目的蛋白产生部分降解作用。为改善此情况,可尝试加入多种蛋白酶抑制剂。   ②为降低杂蛋白与镍柱的...

文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...整的人”,不是把人当做机器或者机器的衍生。 三、如何正确实施OKR 如今OKR已经逐渐走入中国,但很多人对OKR如何实施并不熟悉。 下面以Google公司的做法为例,分享OKR实施的三个主要步骤: 第一步:明确O(目标) ...