关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

branch-site models 类似于branch model和site model的合集,主要假设基因的不同位点间(site)和系统发育树的不同分支间(branch)的ω值均是变化的,目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的...

branch-site models 类似于branch model和site model的合集,主要假设基因的不同位点间(site)和系统发育树的不同分支间(branch)的ω值均是变化的,目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的影响。

1.branch-site model 下的四种模型:

(1)Model A (Model=2, NSites=2, ncatG=ignored)

(2)Model B (Model=2, NSites=3, ncatG=ignored)

(3)Model C (Model=3, NSites=2, ncatG=ignored)

(4)Model D (Model=3, NSites=3, ncatG=2 or 3)

2.选择model A模型,系统发育树被预先分为前景枝和背景枝。在model A分析时会假设存在四种类型位点(site class):

(1)class 0:在整个系统发育树中为负选择(negative selection)的密码子,前景枝和背景枝dN/dS估算值为:0<ω0<1

(2)class 1:在整个系统发育树中为中性进化(neutral selection)的密码子,前景枝和背景枝dN/dS估算值为:ω1=1

(3)class 2a:背景枝上负选择(dN/dS估算值为:0<ω0<1),在前景枝受正选择(dN/dS估算值:ω2>1)的密码子

(4)class 2b:在背景枝上中性进化(dN/dS估算值为,ω1=1),在前景枝受正选择(dN/dS估算值:ω2>1)的密码子

如图:attachments-2022-10-1UweQcla6343dae134f70.png

3. 在branch-site model中如何选择模型比较?
(1)mosel A(备择假设) 通常与null model(fix-omega=1,omega=1)(零假设)进行比较,df=1;
         model A还可以与site model 中的M1a进行显著性水平比较;
(2)mosel B 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较,df=2;
(3)mosel C 通常与site model 中的M1a进行显著性水平比较,df=3;
(4)mosel D 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较,若树文件为无根树,df=1,若树文件为有根树,df=2;
  • 发表于 2022-10-10 17:12
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  • 分类:软件工具

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