问题 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

问题 进化树构建

...你差不多的这个进化树，拟南芥MYB的，但是下载的100多条数据进行构树时，总提示错误，大概意思就是找不到相似序列。大概是序列相似性低，或长短差异太大，但删掉gap后还是一样的过不去，怀疑是不是我下载序列的问题。想...

问题 老师，我筛选了20个顺势作用元件，但是在作图的时候，下面的脚注没有完全显示所有的顺势作用元件，我应该怎么做才能把20个顺势作用原件的脚注都显示上

问题 请问老师，GFF文件里，好多个蛋白对应的基因高都相同（重复）是怎么回事？如图为筛选后蛋白对应的基因号，起始终止位置倒是不同。这是什么生物学现象吗还是错误

已解决

文章 subset提取符合条件的数据

利用subset从数据框中选择符合条件的数据 subset(x, ...) x表示一个待筛选data frame 例如有如下数据： > dat Samples group treatment Time1 GSM1625995 con6h control 6h2 GSM1625996 con6h control 6h3 GSM1625997 con6h control 6h4 GSM1625998 con12h ...

文章 PubMed文献按影响因子排序

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 生物视频教程：生物统计和绘图必备的R语言技能

...言是生信统计和绘图的首选 为生物统计而生的语言生物数据分析当中很多地方都需要用到统计分析，R的开发最初就是要解决生物统计方面的问题，其创始人之一的Robert Gentleman就是一位生物学家。R是一个全面的统计研究平台，...

问题 差异基因用p-vaule筛选可以吗？

老师，您好：转录组分析时因为DEGs个数较少，用的p-vaule筛选的DEGs,审稿人一直问为什么不用FDR，老师这个问题该怎么回答。 Point 6: - Line 600: DEGs were determined using p-value < 0.05 and fold change ≥ 1.5. What is the rationale behind using pvalues i...

问题 请问大家有没有遇到过这种情况，根据某一模块的MM和GS散点图筛选的hub基因会分布不同的module，也就是说不全在该module下

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...ived Xenograft Tissue    XCL99sample type 99  99SH 延伸阅读 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析文献精读-TCGA数据挖掘生...

文章 Excel的几个小技巧

...查找并处理这些重复项呢？ 具体操作：依次点击“选取数据区域-开始-条件格式-突出显示单元格规则-重复值”。这样重复的内容就用特殊的颜色标记了，我们可以进一步对其进行处理，比如：按照颜色进行筛选、排序等等。 ...

问题 请问这两个基因ID不同是有什么区别吗？在后面做筛选的时候，就只能出来基因ID短的，这些基因ID长的筛不出来的原因是什么呢？希望可以回复下

问题 共线性分析做组间时，anchors文件只有以下内容，进行后续筛选和绘图时，报错为“need more values to unpack"，请问是何种状况？mcscanx分析有物种和同源性要求吗？

文章 18年上半年，利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

前几期小编给大家介绍了几篇利用GEO数据库、TCGA数据库发表的SCI论文：如： 1：An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ，该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA，lncRNA,miRNA进行...

问题 MCSCANX共线性分析原理和串联重复分析

mcscanX分析时用的是蛋白比对，在筛选基因家族串联重复基因对的时候未筛到，用了课程里的筛选方法，发现用的是CDS比对，我想问下哪个更准确？？？筛选结果不一样~