10 老师您好,做基因家族分析有几个问题不明白想问问您:(1)实在找不到组装到染色体的基因组,可以用scaffold水平的画基因重复性图吗?会不会影响发文章 (2)能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析,增加一点文章接受几率?(3)用hmmsearch筛选蛋白,构建新模型,再筛选,筛出来200多个蛋白,但是alignment之后发现保守结构域差别很大,gap特别多,是出了什么问题吗?

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最佳答案 2020-03-07 15:32

scaffold水平也是可以分析的,只是比较基因组部分分析不了,其他都可以分分析;

可以分析多个基因家族,或者相同的家族,不同的物种增加文章分析内容也不错:https://www.omicsclass.com/article/760

不同种类的家族特点不一样,有的家族比较保守,家族成员之间的序列相似度高,有的家族进化比较快,家族成员的序列差异大,都是正常的,你的家族里面成员序列差异大,建议可以用保守结构域序列做进化树。或者手动多删除一下GAP

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  • 小明在做游戏 提出于 2020-03-04 14:56

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