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问题 你好，打扰了，想请教一下我是mac版R studio，安装WGCNA总报错，不太看得懂哪里出了问题，麻烦指导一下，急，谢谢！

...ckage ‘WGCNA’ 试开URL’https://cran.rstudio.com/src/contrib/WGCNA_1.69.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1168289 bytes (1.1 MB) ================================================== downloaded 1.1 MB * installing *source* package ‘WGCNA’ ... ** 成功将‘WGCNA’...

问题 合并gvcf的问题

...m文件我只能尝试别的方法合并，当使用bcftools时提示：X602.g.vcf.gz was expected to contain a single sample but actually contained 2 samples. 之后我发现在gvcf文件中的变异是以varaint和variant2两列表达出来的，图中我截取了前面几行）。请问老师，...

文章 docker容器文件为root，出来之后主机无权限解决办法

...ID： $ iduid=1001(us001) gid=1001(us001) groups=1001(us001),978(docker) 2.进入容器，将root用户的文件夹，改成自己的，注意后面的 * 表示所有的文件及文件夹 $ chown -R 1001:1001 * 操作截图：

文章 叶绿体/线粒体基因组的串联重复序列鉴定——TRF

....网站首页如下图，点击 Submit a Sequence ——→ Basic  2.选择上传文件 ——→ Submit 3.点击Tandem Repeats Reportts，即可查看结果 二、结果展示 结果如下图所示，每个区间点开后还可以查看更详细的序列。 表头说明

文章 基因家族进化分析 发10分文章

...者分析了其中的一个例子，例如，重复基因对之一（AtCBL2/AtCBL3）中的 AtCBL2 显示出与 AtCIPK5 和 AtCIPK25 的相互作用能力，这可能导致 两个 CIPK 竞争与一个 CBL 交互并导致不平衡的现象。然而，作者发现AtCIPK25在冷胁迫和渗透胁迫下...

问题 Agilent单色背景校正，Error in if (alpha

... = "normexp",normexp.method = "rma",offset = 50) Array 1 corrected Array 2 corrected Array 3 corrected Array 4 corrected Array 5Error in if (alpha <= 0) stop("alpha must be positive") :    missing value where TRUE/FALSE needed In addition: Warning message: In log(out$alpha) : NaNs produ...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...能，右边最下面 启用或关闭Windows功能 选中Hyper-V 2、Docker for Windows的安装 最新版 下载地址： https://www.docker.com/get-docker 点击 Download Desktop and Take a Tutorial，并下载 Windows 的版本： 根据不同的平台下载对应的版本： 下...

问题 NJ 树脚本报错

...)+'/outfile','/'+args.outdir.strip()+'/infile') FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/outfile' -> '//work/gene_family_demo/03.gene_tree_analysis/infile' 请问如何解决？在使用本地mega建nj树几乎不可能的情况下...

文章 LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站

...预测模式：基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单：输入miRNA 和lncRNA的编号即可，适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3.  支持数据库下载：如果分析miRNA或lncRNA较多的话，可以将该数据下载到本地，在本地进行预...

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...-code-tables/sample-type-codes 01  Primary Solid Tumor  TP(实体瘤）02                      Recurrent Solid Tumor  TR03Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood  TB （血液相关癌）04Recurrent Blood Derived Cancer - Bone Marrow  TRBM05Additional - New Primary  TAP06M...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...相关统计信息如下：     1. Gene A的长度为：3000      2. 比对到Gene A上的reads数量：1000     3. 比对所有基因上的reads数据量：1,000,000     4. 样品1中覆盖75%基因的reads数：2000  那么，FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下：     FPKM  = (1...

问题 保守结构域

...间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又...

文章 diff比较两个文件的内容

...的差异。下面是 diff 命令的基本用法： diff file1.txt file2.txt 这将比较 file1.txt 和 file2.txt 两个文件的内容，并显示它们之间的差异。如果文件相同，diff 命令不会输出任何内容。如果有差异，它将显示差异的具体位置。 $ cat test...

文章 方差分解分析（Variance Partitioning Analysis）

...['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)vpaplot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange")) 参数 chisquare = TRUE，执行 CCA 的变差分解；默认情况下 chisquare = FALSE，即执行 RDA 的变差分解 注：如果 varpart() 不支...

问题 注释最终的结果不理想 不知道从哪里下手改进流程

补充描述及问题 1.组装软件尝试过wtdbg2（n50：26MB、LAI：7.41）、canu（n50:24MB、LAI：8.77），还没有尝试过quickmerge合并基因组，但这三个版本LAI最高也就8.81，合并后会比最高的高吗？ 2.这是一个植物基因组，重复序列中unknow比例...