方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)

方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)

方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)


确定最佳环境因子组合之后,进行分解分析,


#P+Hb+eGFR
vpa <- varpart(otu, env['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)
vpa
plot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange"))

参数 chisquare = TRUE,执行 CCA 的变差分解;默认情况下 chisquare = FALSE,即执行 RDA 的变差分解

注:如果 varpart() 不支持 CCA,请更新 R 版本(如 R3.6 的 vegan)

attachments-2020-11-lmxkLhRL5fba56bf4e46b.png


分成两组(DOC 为一组,AP 和 AK为另一组)环境变量

cca_vp <- varpart(otu, env['DOC'], env[c('AP', 'AK')], chisquare = TRUE)


扩增子分析视频课程推荐:https://study.163.com/course/introduction/1210708806.htm?share=1&shareId=1030291076 



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  • 发表于 2020-11-22 20:19
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  • 分类:宏基因组

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