保守结构域

老师,您好,之前向您请教:“当基因序列差异太大时,建议用保守结构域构建进化树。请问保守结构域该如何提取呢?”您回复:“可以适当删除些gap”。我的序列比较复杂,由于外群种序列与内类群差异比较大(外群种已经是内群物种亲缘关系最近的了,但由于分化时间久远,差异特别大,部分区域比对不上,如下图,最后2条是外群种序列),目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据,首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因,建树结果与ITS结果不同,然后我又在Pfam数据库中搜索了保守的结构域,用氨基酸建树,结果还是与ITS结果不同,请问在Pfam中搜索到的就已经是比较保守的吗,还有没有筛选更保守的方法呢?对于跨度比较大的类群,会考虑用保守结构域来构建系统发育关系,虽然我的外群是和内群关系最近的物种,但由于分化久远,差异比较大。谢谢您!attachments-2020-10-jQoPkhYt5f92a080422ea.png

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  • 芋头娃娃 提出于 2020-10-23 17:22

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