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问题 TCGA数据下载后保存出错

...g__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果，方便后面使用 > data <- GDCprepare(query = query,  +                        save = TRUE,  +                        directory =  DataDirectory, +                    ...

问题 动植物基因组课程，数据筛选步骤提示数据库错误

...提示：BLAST Database error: Error: Not a valid version 4 database.   搜索百度要么下载版本4的数据库，要么 更新blast+ （https://blog.csdn.net/zhangjunya/article/details/108279859）。查看了一下课程所用镜像和数据库，无法操作啊（能力有限），还是...

问题 下载COAD数据提示列不一致保存不成功

...521 already exist. All samples have been already downloaded > # 保存结果 > data <- GDCprepare(query = query,  +                    save = TRUE,  +                    directory =  DataDirectory, +                    save.filename = FileNameData) |=...

文章 基于WSL2的docker更改存储位置

...看到stoppedE如下图)，说明此时的状态是没有运行的，如果显示的是running，则需右击后台运行的小鲸鱼标识，然后点击Quit Docker Desktop退出。此时我们需要再一次输入命令：wsl -l -v --all查询当前docker的状态，运行状态为stopped即可。...

问题 基于Python的mcscan的微共线性分析问题

...cvi.graphics.synteny blocks ATH_rapa.bed blocks.layout可以获得下面的结果。可是python -m jcvi.graphics.synteny blocks ATH_rapa.bed blocks.layout --glyphstyle=arrow时就出问题了，怎么也算不出来，要是layout文件有问题，那么下面这个微共线性分析就不会运算...

问题 cafe5 Families with largest size 删掉这些基因家族后跑的非常慢

...，我按照脚本删掉了差异大的家族，然后跑了2天了还没结果. 另外，删掉这些基因家族后是重新运行base和-k2~-k5还是只运行-k3就行了？

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分...

问题 conet构建网络图参数设置

...ncluded into network analyses to minimize false-positive correlations. ”结果部分提高“A Procrustes analysis based on bacterial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community composition ( M(平方）= 0.5675, R = 0.7407, P <0.0001, 9999 per...

问题 非模式物种功能注释与GO KEGG富集分析遇到问题

..._biotype --value protein_coding -t '!' -o P1.protein_coding.gff。再查看结果文件的时候发现不对劲，比如原本的gff文件打开是从染色体NC_063982.1开始，当我打开生成的蛋白质编码文件时染色体是从NC_063996.1开始，是过滤掉很多染色体吗？。查...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分...

问题 Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

在rstudio中运行 BiocManager::install("TCGAbiolinks")，迟迟无法下载数据，并显示上方错误，请问怎么解决

文章 序列比对Muscle和ClustalW的区别

...密码子比对比DNA序列的比对会更加真实，避免间隙对比对结果产生的影响（但是该选项会因为序列中含有终止密码而报错）。 比对之后要去检查一下比对的情况，有的差异很大的或许是因为序列方向反了，这个时候要把它反转...

文章 植物转录因子调控分析

...子进行富集分析，这就可以筛选出关键作用的转录因子。结果如下： 5. GO 富集分析    针对一组基因进行GO富集分析，分别从分子功能，细胞组份和生物过程3个方面进行功能富集分析。          利用好这个网站，分析转录...

文章 细胞凋亡检测最火方法——Annexin V/PI双染法

...法不需要固定细胞，避免了因固定造成的假阳性等问题，结果亦更可靠，这是目前公认的灵敏、高效和成熟的凋亡细胞检测方法之一。 流式Annexin V系列凋亡试剂盒 正常细胞膜磷脂的分布是不对称的，膜内表面含负电的磷脂(...

问题 Rstudio进行WGCNA分析时无法输出GS和MM值表格，无法输出cytoscape nodes edges文件

...不能输出GS和MM值表格和cytoscape nodes edges文件。代码输出结果如图所示。请老师帮忙查看，是什么原因，应该如何修改？十分感谢！