2021年转录组有多便宜，转录组文章就有多难发，一般人对期刊已经放弃要求；优秀的人却仍可以游走在2区行列，人家是怎么做到的呢？我们一起去看看！

文章简介

该文章是6月21日发表在BMC Genomics（IF=3.594，中科院分区：2区）的一篇研究拟南芥春化作用和冷驯化关系的转录组文章，下面我们一起看一下这篇文章都有哪些内容。

1. 拟南芥春化动态转录组结果

作者以拟南芥FRI-Col (Col-0 突变，拟南芥花期延后)设置了8个时间点，如下图A，该部分作者展示了转录组数据的基本情况，均是比较套路的写法，如样本相关性，差异基因数，不同组合间韦恩图，全部基因时序表达热图及不同Go term注释基因数等。

2. 冷驯化和春化的关系

接下来作者重点研究了与冷驯化和春化相关通路的基因，如FLC, VIN3,CBF1和HOS1等，并且Qpcr验证了相关基因的表达模式，从冷驯化和春化两个通路关键基因响应时间先后分析，两个生物学过程是相对独立的。

3. 冷驯化和春化反应的加权基因共表达网络分析（WGCNA）

作者进一步利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）分析冷驯化和春化之间的关系，如下图，分析表明冷驯化涉及3个阶段：一是即时冷反应，与乙烯和茉莉酸（JA）及C2H2锌指信号有关；二是对冷处理28-30d温度变化的快速、持久的响应，与生长素途径有关；三是对长期冷驯化的响应，与泛素化途径有关。

4. 春化反应中的可变剪接事件

可变剪接与温度响应有关，作者又分析了冷驯化期间可变剪接事件变化情况，如下图，冷暴露期间内含子保留（RIs）的比例下降，外显子互斥（MXEs）1d后出现，3′端可变剪接（A3SS）的比例也显著增加，表明植物通过改变可变剪接事件应对冷驯化。

总结

BMC Genomics是2区期刊，2015年之前，转录组发表在该期刊是比较容易的，甚至做一个样品的无参组装就可以发，不过这已经成为老黄历了。

目前看，没有像样的实验数据加以支持，仅靠转录组数据想发表在这个期刊是很难的！不过，该篇拟南芥春化和冷驯化的文章没有实验数据为啥能发呢？

我觉得有以下几点：

1. 材料特殊：作者拟南芥FRI-Col (Col-0 突变，拟南芥花期延后)，一般拟南芥发芽后4周左右开花，难以模拟40天左右的春化作用，FRI-Col突变株是研究拟南芥春化作用的好材料。

2. 设置取样时间点较多，贯穿实验全程，可更好观察春化过程中基因表达的动态变化；另外，较多时间点非常适合WGCNA分析，这也是本文亮点之一。

3.  关注性状相关通路及基因梳理较为清晰，并根据转录组数据提出春化和冷驯化相关的信号通路是相互独立的。

4. 关注可变剪接事件与冷驯化的关系，可变剪接数据一般人很少分析，更是研究热点，值得借鉴。

综上，这是一篇非常不错的值得借鉴的文章，近期有转录组文章需求的老师可以下载原文查看更多详细信息。

文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8218483/

日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：

1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操 

2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因家族分析

3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ； 

4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就可以分析，0基础学习链接：代谢组分析实操

3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机，成本低，好发表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析

4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，提升文章亮点，勇敢冲击NGS顶刊，学习链接：群体遗传进化GWAS分析 ；

5. 传统图位克隆研究方法经久不衰，有遗传群体，有性状，自己就可以做，学习链接：遗传图谱构建与QTL分析

6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析

7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文章好发，性价比极高，学习链接：线粒体基因组分析实操 ；叶绿体基因组分析实操

8. 数据分析硬件利器，个人分析能力的倍增器，好用便宜的云生信服务器，专门为高通量测序数据分析而生，了解链接：云生信服务器

9. 免费好课，个人能力提升，生信入门，不可错过，内容涵盖：生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等，免费好课总入口：

点我开启学习之旅

10. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习