最新2区转录组文章!看人家是怎么写的!

2021年转录组有多便宜,转录组文章就有多难发,一般人对期刊已经放弃要求;优秀的人却仍可以游走在2区行列,人家是怎么做到的呢?我们一起去看看! 文章简介 该文章是6月21日发表在BMC Geno...

2021年转录组有多便宜,转录组文章就有多难发,一般人对期刊已经放弃要求;优秀的人却仍可以游走在2区行列,人家是怎么做到的呢?我们一起去看看!

文章简介

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该文章是6月21日发表在BMC Genomics(IF=3.594,中科院分区:2区)的一篇研究拟南芥春化作用和冷驯化关系的转录组文章,下面我们一起看一下这篇文章都有哪些内容。

1. 拟南芥春化动态转录组结果

作者以拟南芥FRI-Col (Col-0 突变,拟南芥花期延后)设置了8个时间点,如下图A,该部分作者展示了转录组数据的基本情况,均是比较套路的写法,如样本相关性,差异基因数,不同组合间韦恩图,全部基因时序表达热图及不同Go term注释基因数等。

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2. 冷驯化和春化的关系

接下来作者重点研究了与冷驯化和春化相关通路的基因,如FLCVIN3,CBF1和HOS1等,并且Qpcr验证了相关基因的表达模式,从冷驯化和春化两个通路关键基因响应时间先后分析,两个生物学过程是相对独立的。

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3. 冷驯化和春化反应的加权基因共表达网络分析(WGCNA)

作者进一步利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析冷驯化和春化之间的关系,如下图,分析表明冷驯化涉及3个阶段:一是即时冷反应,与乙烯和茉莉酸(JA)及C2H2锌指信号有关;二是对冷处理28-30d温度变化的快速、持久的响应,与生长素途径有关;三是对长期冷驯化的响应,与泛素化途径有关。

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4. 春化反应中的可变剪接事件

可变剪接与温度响应有关,作者又分析了冷驯化期间可变剪接事件变化情况,如下图,冷暴露期间内含子保留(RIs)的比例下降,外显子互斥(MXEs)1d后出现,3端可变剪接(A3SS)的比例也显著增加,表明植物通过改变可变剪接事件应对冷驯化。

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总结

BMC Genomics是2区期刊,2015年之前,转录组发表在该期刊是比较容易的,甚至做一个样品的无参组装就可以发,不过这已经成为老黄历了。

目前看,没有像样的实验数据加以支持,仅靠转录组数据想发表在这个期刊是很难的!不过,该篇拟南芥春化和冷驯化的文章没有实验数据为啥能发呢?

我觉得有以下几点:

1. 材料特殊:作者拟南芥FRI-Col (Col-0 突变,拟南芥花期延后),一般拟南芥发芽后4周左右开花,难以模拟40天左右的春化作用,FRI-Col突变株是研究拟南芥春化作用的好材料。

2. 设置取样时间点较多,贯穿实验全程,可更好观察春化过程中基因表达的动态变化;另外,较多时间点非常适合WGCNA分析,这也是本文亮点之一。

3.  关注性状相关通路及基因梳理较为清晰,并根据转录组数据提出春化和冷驯化相关的信号通路是相互独立的。

4. 关注可变剪接事件与冷驯化的关系,可变剪接数据一般人很少分析,更是研究热点,值得借鉴。

综上,这是一篇非常不错的值得借鉴的文章,近期有转录组文章需求的老师可以下载原文查看更多详细信息。

文章链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8218483/

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  • 发表于 2021-06-29 09:56
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  • 分类:文献解读

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