找到约 15 条结果

文章 miRWalk: 一个预测人类miRNA靶基因的网站

...比较短,所以预测到的靶基因会非常的多,miRWalk的预测结果过支持联targetscan, miRDB,miRTarBase等数据库或软件进行一定的筛选。 3. 离线预测 miRWalk 除了能够在网站上进行少量的miRNA和基因的预测,也可以将整个的数据库下载下...

文章 环境因子分析

... ```{r} # adonis统计otu与所有环境因子关联 # 本方法计算的结果与dbrda和capscale中的anova.cca方法得到的结果一样。 ##对分组解释度检验 otu_group.adonis = adonis(vegdist(otu,method="bray") ~group, data=fastmap) otu_group.adonis #多个 otu_group.adonis = a...

问题 TCGA下载数据保存

下载FPKM的时候,保存结果时出现Error in read_connection_(con) : Evaluation error: error reading from the connection. In addition: Warning message: In (function (con, what, n = 1L, size = NA_integer_, signed = TRUE,  :   invalid or incomplete compressed data

问题 关于WGCNA拓扑聚类热图的求助

按照代码跑出来的热图,结果是周围颜色很深,中间很浅,感觉怪怪的样子,不是太懂,能帮忙解释以下原因吗

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好,我运行了这个    cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data1/${ind}.fa ./ ln -s ../data1/${ind}.gff ./ done 结果如图所示,请问软连接成功了吗?我看和课程不一致,课程有文字是高亮的。

问题 泛基因家族转录表达

老师你好。我正在准备以下三个表 请问: 1. gene_Function.annotation.xls的格式必须和示例文件一致吗?有的数据库我没有注释结果。 2.all_gene_fpkm_for_deg.xls  这个文件是指所有的基因表达量吧。那All.DEG_final.xls文件是啥内容?

文章 技巧总结:Annexin V/PI法测细胞凋亡中的注意事项

...式凋亡检测方法。但是想得到一组既漂亮又“炫”的流式结果图却不是一件容易的事情,需要同学们每一步都做到精致完美,任何一个小环节的失误,都会使几天的努力功亏于溃,毁于一旦。 那么,整个细胞凋亡实验过程需要...

问题 hic挂载时,选用那个内切酶

我在用hic挂载的时候,在比对结果过滤和划分GROUP的时候,都会用到内切酶。这个内切酶与hic建库测序的内切酶一样,是吧?

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...给出一个标准值或总体均值,同时,提供一组定量的观测结果,应用t检验的前提条件是该组资料必须服从正态分布;若是配对样本T检验,每对数据的差值必须服从正态分布;若是独立样本T检验,个体之前相互独立,两组资料均...

文章 csvtk,A powerful software for handling CSV files

...VTK命令及其使用方法: 美化打印CSV/TSV:以表格形式对齐显示CSV/TSV数据。csvtk pretty -t input.tsv过滤:通过评估布尔表达式来过滤行。csvtk filter -t -f '$1 > 0 && $3 == "abc"' input.tsv选择:从CSV/TSV数据中选择特定字段/列。csvtk c...

问题 代码不适用

...ip - > clean.vcf.gz 在用这个代码过滤vcf文件时,一秒就出结果,说代码不适用,我的物种是4倍体。

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...数据下载 打开ncbi官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov),点击搜索project号 PRJEB19900。 点击"22",项目有22个样本: 再随机点击一个 之后点击,All run,就可以看到这个project下所有样本的数据; 来到所有样本的数据信息页面,...

文章 空间转录组实操课程

...台的空间转录组测序数据的标准分析和高级分析;2. 分析结果图表为发表级,可以直接用于文章撰写;3. 分析环境基于docker一键搭建完成,解决了各种生信软件安装的烦恼; 4. 所有代码封装,可快速批量运行,简介高效。 5.从...

问题 blast进行复制基因查找分析

...个基因组序列分析? 2..blast进行复制基因查找,得到的结果只是Tandem duplication ?基因家族加倍与复制(MCScanX分析)可以分析得到segmental duplication 和Tandem duplication?

问题 mapman,mapping出现问题

...了“.1”,注释前用excel里的替换全部删掉了。注释完的结果,ID中的大写全部变成小写,然后用excel替换全部改掉。之后上传mapping,但是一直出现如图的提示,然后说pathway没有展示基因。   小弟V:15354865769,拜托了