...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
...主要更新内容如下： 使用最流行的工具qiime2分析扩增子数据使用主流的基于降噪的方法生成feature-table，同时也兼容基于聚类的方法生成OTU table（内存限制）物种分类注释数据库更新到最新，silva(138)，greengene(2022_10),ITS(ver9)物种...
老师好，这一步上课时老师没有演示，所以我在操作时一直出现错误。包括我用了demo里的数据也是报错。用的demo数据分别是：03文件夹.iqtree2.pep.fullLength；04文件夹meme.xml；05文件夹gene_exon_info.gff
...授开发，较之前版本OrthoVenn v 1.0版本，OrthoVenn2的性能、数据库、分析及结果展示方面都有很大的提升；OrthoVenn2基于OrthoMCL启发式匹配算法，用DIAMOND进行比对，比传统的BLAST算法速度提高了1万倍，OrthoVenn2基因组蛋白序列来源于Ens...
我想用metaboanalyst平台处理我的代谢组数据，在做KEEG富集这步，需要提交茶树代谢物背景库，示例如图。 如何将KEGG网站（https://www.genome.jp/brite/htext=csin00001.keg&query=csin00010）上的数据转换成这样的格式，如何快速进行手工...
五个样本，二三代各有数据，数据大小15g左右 目标是完成二三代联合组装，分箱MAGs，基于组装草图 ，MAGs 的双维度物种注释，微生物丰度量化，功能注释，最终输出标准化结果，交付内容基于分箱和组装的物种注释，丰度表...
具体报错信息如下： NOTICE: Running with system command <coding_change.pl ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ....
... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...
...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
...然。 4. 与NCBI序列比对 APE软件还可以将序列直接与NCBI数据库中序列进行比对，选中要比对的序列，点击Tool工具中BLAST sequence at NCBI，软件自动打开NCBI比对页面，如下： 5. sgRNA辅助设计 选中序列后，点击Tool中sgRNA，APE便会...
... 1. 毛竹中bHLH基因家族基因的鉴定 作者利用毛竹基因组数据，根据Pfam数据库中Hidden Markov Model (HMM)，一共鉴定到137个bHLH基因候选基因。 2. 构建系统发育树和bHLH家族基因选择压力分析（Ka/Ks计算） 作者选择拟南芥144个, 作者选...
...小RNA测序鉴定病毒的基本策略主要包括以下3步： 1. 测序数据与宿主基因组进行比对，过滤掉来源于宿主的序列 2. 没有比对上的序列，进行denovo 组装 3. denovo 的序列与已知的病毒库进行比对，找到相似度高的病毒序列 VirusDetec...
...gff <- opt$gff # gff文件pheno <- opt$pheno # 表型数据group <- opt$group # 样本分组信息Chr <- opt$chr # 基因所处的染色体名称start <- opt$start # 基因的起始位置（染色体坐标）end <- opt$end # 基因的...
我从EBI下载了一份单芯片表达数据，我照着NCBI下载的Annotation文件自己做了一份fData。 在chip-deg5的载入数据步骤显示如下问题： Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'row.names'里不能有重复的名字 ...