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文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...(National Center for Biotechnology Information),是我们经常使用的数据库,其本身在数据以外也为我们提供了很多好用的小工具。病毒的基因组比较小,通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件,此时如果我们想获得病毒的...

文章 CDS、ORF、cDNA、mRNA、外显子、内含子等区别与联系

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 老师您好,咨询一下转录组和基因家族结合发文的问题

...结合的发文思路。基因家族发文结合自己未发表的转录组数据会不会增加接收几率?(现在看很多文章都是用的数据库下载的转录组)您觉得刚测的转录组和基因家族单独发文性价比高还是结合起来发会好一点?

文章 R批量读取文件

...t; ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容,例如第一个文件: > ABC[[1]] V1 V21 A 1> 把文件的名字(前缀)赋给每个读取到的数据 > for (i in 1:length(ABC)){+ assign(m...

问题 WGCNA输出的cytoscape的文件出现格式错误

...状代码: 十分感谢老师百忙之中的帮助! 我用课程的数据做了下,前面的图都还正常,到了这个图,跟我用自己的数据做出来的样子差不多,跟正常图比起来有点。。

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

...MENA对16S 的OTU进行网络图分析的时候,为什么上传的原始数据的OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的?如原始数据中的ID是OTU1-900,但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字,那这样的话,在用cytoscape可视化的时...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...解lncRNAs与HCC中miRNA结合介导的mRNAs的影响,作者基于上述数据构建了一个ceRNA网络,并使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB,miRTarBase和TargetScan数据库综合分析,最后使用26个DElncRNA,4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...在2013年推出后受广大研究者青睐,这款软件依赖Greengene数据库,对输入的OTU信息进行比对,输出样本/分组的功能count值信息(图3)。通过对比研究发现在肠道微生物、土壤菌群等常规类型样本中,这种功能预测分析的结果与宏...

文章 已知目标基因,如何进行局部共线性绘图?

数据来源 我们今天的绘图流程和绘图数据来自一篇于2021年3月份发表在NG上的黑麦基因组文章“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes”,在这篇文章中,作者构建了一个高质量的威宁黑...

文章 植物学家奇思妙想-改造基因组培育辣味番茄!

...河,因为没有详尽可靠的有关辣椒素合成基因表达模式的数据,而这正是最关键的信息。 正如作者所说“我们不得不尝试其它方法,其中一种方法是每次激活一个候选基因,看看会发生什么,以及会产生哪些化合物。我们正在...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时,需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。提取的话,可以采用如下的代码实现。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $biotype_file = shift @ARGV; my $gtf = shift @ARGV; my $biotype = shift @A...

文章 R语言基础入门—判断语句

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 分享转录组学与新一代高通量测序PPT讲义

...ysis.pdf 1、通过实例了解、认识第二代测序仪产 生的生物数据常见的存储格式 2、通过实例了解转录组和miRNA的数据 分析思路及常用方法 • RNA-seq Transcriptome Technology • RNA-seq Data Format • RNA-seq Data Analysis Strategy • Case Report

问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...生物学重复,请问这种情况下我该怎么合并这三个重复的数据呢?因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据来进行的定位。

文章 时隔4年,四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉!

...单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提...