序列分析软件-DNAman使用介绍(二)

上一期给大家介绍了使用DNAman进行多重序列比对的方法,想了解的可以点击链接查看:多序列比对分析-Dnaman很好用!其实DNAman还有很多其他功能,今天我在和大家分享一下。 1. 绘制质粒图谱 绘...

上一期给大家介绍了使用DNAman进行多重序列比对的方法,想了解的可以点击链接查看:多序列比对分析-Dnaman很好用!其实DNAman还有很多其他功能,今天我在和大家分享一下。

1. 绘制质粒图谱

绘制质粒图谱是DNAman比较成熟的功能之一,装载好质粒序列后(装载方法见:多序列比对分析-Dnaman很好用!)进行如下操作:点击Restriction-Draw Map,然后双击对话框右侧箭头所指即可打开参数设置对话框,如下如:

attachments-2020-09-aARjcnLg5f558a8e75845.pngGeneral是图参数常规设置,具体参数含义见下图:

attachments-2020-09-OvexpYil5f558a9b268da.pngElements比较重要,是添加元件的选项,可以设置元件类型颜色及命名,元件设置成功后鼠标选中还可以移动位置。

attachments-2020-09-DFvxqCZD5f558abc4670e.pngText可以添加文字及设置文字格式;Sites可以添加酶切位点;Drawing可以绘制着重框,成品图见下方:

attachments-2020-09-qxMhgIi15f558ae50882c.png

2. 序列展示

DNAman可以多形式展示序列信息,可通过复选框选择所需内容形式:如下:

attachments-2020-09-gWUUpuUF5f558b0c03ec6.jpgattachments-2020-09-N0lFi3zJ5f558b177e13a.png

3. 蛋白质翻译

DNAman可以快速翻译蛋白质序列,操作也非常简单,参数设置及结果见下图:

attachments-2020-09-h6oolIfo5f558b3ac1160.pngattachments-2020-09-DmgKfDAw5f558b42c040d.png

4. 在线Blast比对 

DNAman提供快速NCBI比对功能,并提供多种比对形式,如下图:

attachments-2020-09-ZWINaucO5f558b741686f.pngattachments-2020-09-FFiuvLvp5f558b7ff27e3.png

5. 开放阅读框(ORF)预测 

DNAman提供开放阅读框预测,如下图,可展示氨基酸氨基酸数量、起止位置:

attachments-2020-09-f8VM1qhZ5f558ba116e99.pngDNAman除了以上功能外,还有其他功能,如设计PCR引物、检索SiRNA等,但是个人感觉不是很好用,所以这里就不再细述了,感兴趣的可以自己尝试下!

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?多学点数据处理技能:学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 学生物的必学生信技能:linux系统入门

7. 学生物的必学生信技能:Perl语言入门到精通

8. 学生物的必学生信技能:perl语言高级编程

9. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请扫描下方二维码:

attachments-2018-11-eEmO1t6q5c01489ecbc34.jpg

  • 发表于 2020-09-07 09:24
  • 阅读 ( 93 )
  • 分类:软件工具

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

50 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 335 文章
  2. 安生水 217 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 50 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章