在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

具体报错信息如下：

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function>

Died at /data/home/zhangzhi/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677.

Error running system command: <coding_change.pl  ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function>

Error running system command: </data/home/zhangzhi/sft/pkg/annovar/table_annovar.pl ./indel_AT899.avinput /data/home/zhangzhi/genome-9-8/ -buildver unknown -outfile ./indel_AT899 -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS


有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基 ，ANNOVAR处理不了，这是作者的回答：https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/ attachments-2023-10-cynGUxGh6520ba8b54bf6.png


解决办法就是将  ambiguous 碱基根据IUPAC ：（https://www.omicsclass.com/article/409 ）编码替换成一单个碱基；



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  • 智 提出于 2021-09-26 21:11

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