问题 想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

问题 老师您好，想咨询GEO问题

...同一平台，都是单通道芯片，样本信息显示如下图，那么数据信息是不是现成的已经经过标准化的数据？2.2.如果这3个GSE系列不在同一GPL，可以在GEO2R后可以直接求交集吗？3.单个GSE***中都有实验组和对照组，但是有的GSE中是配对...

问题 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

...A-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据，只找到了他们处理后的BigWig文件，使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时，用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别很大。应该如何处理。

文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 R语言基础入门—矩阵介绍

...布局布置的R对象， 它们包含相同原子类型的元素。这种数据结构很类似于其它语言中的二维数组，但 R 提供了语言级的矩阵运算支持。 矩阵里的元素可以是数字、符号或数学式。 一个 M x N 的矩阵是一个由 M（row） 行 和 N ...

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

老师您好，我用自己的数据和您视频提供的数据做heatmap plot都提示如下错误，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.da...

问题 WGCNA分析没有给出powerEstimate，如何选择power值/β值？

如上图，输入sft代码后，没有给出合适的powerEstimate。我根据R2值不小于0.8，slope值接近-1，平均连通性尽可能大的原则选择了power值等于7，是否合理？根据图中的数据，本次数据是否适合做WGCNA的分析，结果的可靠性高吗？

文章 wget 下载并解压

...任何想做的事，只要管道右侧的命令允许从标准输入读取数据即可。 要做到边下载边解压，需要使用 wget 命令 -q 选项关闭下载状态的标准输出，然后组合使用 wget 命令 -O 选项，指定标准输出作为文件。 在 wget 当使用连字符 - ...

文章 ai助手帮我画环形堆叠柱状图

...  https://www.cici.com/thread/w0ed44c9006bd080c 还是可以的 示例数据,没啥区分度,看起来不是很好看,也正常,但是直接就有了框架,还是很好的,毕竟后面我只用自己的数据,然后稍微美化一下就行,美化的工作也可以交给ai,ai画图还是挺好用...

文章 用Ai助手帮我写脚本

当我们想在linux下批量处理数据时，已有的脚本不一定能达到我们想要处理的效果，这时就需要我们对脚本进行修改编写。 但是对于初学者来说，一些生信脚本是非常晦涩难懂的，google百度得到的回答也时常不连贯，很难顺利...

问题 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办？

我看文献里做基因家族分析都是从pfam数据库里下载结构域的hmm文件，然后在自己物种的基因组里进行基因家族的鉴定，但是我想研究的基因家族CDPK在pfam数据库里没有现成的结构域，怎么办？还能分析吗？

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

... for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。 2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 PSI-BLAST is designed for more sensitive...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_column.r       [-h] -i input -m idlist [-c colname] [-o outdir] [-p prefix]get data by column IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input          ...

文章 16S聚类还是降噪？

...) 得到OTU的方法近些年已经广泛应用于扩增子高通量测序数据的分析过程中。经典的Uparse就是通过序列之间的相似度为阈值(一般选择97%)将序列划分为OTUs。利用Semantic Scholar进行查询，Uparse目前总引用次数为6301，2015-2017年平均引...

文章 Perl数组排序--sort()函数

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...