问题 老师，您好，我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的第一个方法中操作 pick_de_novo_otus.py 这一步，缺少了很多文件，之后我又单独操作的，在操作第三步 # Assign taxonomy command 时，没有出现qiime_rep_set_tax_assignments.txt 这个文件，第四步也没有办法操作，是哪里出问题了呢

文章 如何绘制SNP密度图

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文章 什么是RIN值？！

样本提取是实验关键一环，没有好的样本，一切数据就犹如没有地基的大厦，盖得越高，倾覆的概率就会越大！所以开展好一个实验，首先要从评价核酸质量是否达标开始，RIN值是样本检测中比较重要的指标，今天就给大家聊聊...

文章 全面解读第四代基因测序技术

...分子测序，测序读长长（超过150kb），测序速度快，测序数据实时监控，机器方便携带等。这篇综述重点总结了MinION测序仪的技术特点和应用领域。 一、 MinION测序技术简介 MinION纳米孔测序仪的核心是一个有2,048个纳米孔，分成...

文章 R语言-文件读写

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文章 Linux中给文件中的某列添加千位分隔符

如果你只想要为文件中的某几列数据添加千位分隔符，你可以使用 awk 来实现。以下是一个例子： 假设有一个包含多列数据的文件 data.txt A 2565 301298 0.69% B 50 83602 0.19% C 3568 2710730 6.23% D 16 9837 0.0...

文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...tTPP家族在不同组织及不同环境下的表达情况作者从NCBI-GEO数据库下载的杨树不同组织及不同环境下的基因表达数据，分析了PtTPS和PtTPP家族成员在不同组织（叶、茎尖、根）及不同处理下（水杨酸、茉莉酸甲酯处理，干旱处理）...

文章 论文查重？给你推荐几个好用的网站！

...CrossCheck反剽窃检测系统的技术支持、检测能力以及比对数据库基本一致。 Turnitin检测相似性的原理不同于中文字数的重复检测原理，它监测的是句子语法逻辑，与单词重复及其重复字数是没有直接关系的，知道这些我们就可以...

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问题 在菠萝那篇文章里验证基因预测是否正确时，对不能用转录组数据比对回去的基因进行PCR验证，因为我不是学生物的，对PCR不了解，想问一下它是对那段基因的DNA进行扩增的吗？那段DNA是可以根据预测的序列人工制造出来吗？PCR扩增什么时候可以扩增出来什么时候扩增不出来呢？怎么就能验证基因的是否真的存在呢？

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问题 老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

文章 推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具！

...基因结构的准确信息，基因结构信息可以来自文献、各种数据库、GFF基因组注释文件等。例如，ensembl数据库中拟南芥WRKY基因，以转录组本AT1G66550.1为例；该基因共765bp，254个氨基酸，并且有基因结构的准确信息。 具体做法如...

问题 关于操作中遇到的Perl脚本。

  我想请问，按照视频里的操作方法一切数据的提取都是通过给定的Perl脚本来实现的。但是你们提供的脚本总会有局限性吧！如果非要完成特定的需求。那么请问如果实现不了的数据提取操作能否用python来写出一个相应的脚本...

问题 线粒体基因组组装挑选contigs的标准是什么？

我正在用ont数据组装植物线粒体，我想知道11.smartdenovo.sh中组装完成后挑选contigs的标准是什么？ont数据在组装前需要校正吗？