什么是RIN值?!

样本提取是实验关键一环,没有好的样本,一切数据就犹如没有地基的大厦,盖得越高,倾覆的概率就会越大!所以开展好一个实验,首先要从评价核酸质量是否达标开始,RIN值是样本检测中比较重要的...
样本提取是实验关键一环,没有好的样本,一切数据就犹如没有地基的大厦,盖得越高,倾覆的概率就会越大!所以开展好一个实验,首先要从评价核酸质量是否达标开始,RIN值是样本检测中比较重要的指标,今天就给大家聊聊RIN值!

RIN值简介

RIN值,即RNA integrity number(RNA完整值),是安捷伦公司开发的以数字化形式表示 RNA 完整性的参数。在高通量测序样本检测报告中经常出现,用来衡量样品中抽提的RNA的质量;了解RIN值需先了解下28S和18S比值。
28S和18S比值:28s和18s是真核生物RNA(核糖体RNA)的两个主要亚基,在完整性较好的RNA样本电泳条带上应是28S在上,18S在下,且亮度为28S是18S的两倍,理论上未发生降解的RNA样本28S/18S比值等于2.0;但在实际取样提取过程中,RNA可能会发生各种途径的降解,体现在电泳条带上就是28S/18S比值会下降;此前,研究者们已将核糖体比值作为特征值应用在生物分析仪软件中,用来表征凝胶分析中RNA 的完整性。然而,仅通过总RNA的核糖体比值去评估RNA的完整性通常不准确,而Agilent 2100生物分析仪系统通过显示RNA片段大小分布的详细画面(下图),能更好的评估RNA完整性。

attachments-2020-09-4Hk6xXET5f5587ba9c1a3.png

注:总RNA样品经过不同时间降解,并且在Agilent 2100生物分析仪系统上使用真核细胞总RNA Nano分析法分析所得的样品;随着降解推进,可以观察到向较短片段大小方向偏移。RNA降解是一个逐渐的过程,随着降解推进,18S/28S核糖体条带比减小,而两个核糖体峰和下位内标之间的基线信号增大(图1)。RNA完整值(RIN)这一指标,就是基于整体电泳图,将真核生物总RNA质量分类,并设定RIN数值范围为1-10,其中1代表降解最严重的情况,10代表最完整。通过这种方式,有助于解释电泳图,令样品之间的比较成为可能,并确保实验的重复性。更多详细信息参见安捷伦公司的应用简报,链接:https://wenku.baidu.com/view/90ab7b29370cba1aa8114431b90d6c85ed3a8887.html。

不同物种RIN形式

动物样品胶图上可见目的条带为28S、18S、5S,植物样品为25S、18S、5S,昆虫、软体动物等是18S、5S,原核生物是23S、16S、5S。

attachments-2020-09-xhTQrTEB5f5587da08c45.jpg

所以不同物种的Agilent 2100 数据显示还是有一点点差别的,差别主要是25S、23S等的区别。

安捷伦2100结果怎么看?

理想的电泳图可以展示以下要素信息:前区、5S区、快速区、中区、前体区、后区以及3个高耸的标准品峰、18S峰、28S峰。

attachments-2020-09-FxZ2dF2O5f5587fed181f.png不同降解程度2100图如下,可以看到样品降解会在快速区、5S区出现波浪状杂峰,基线上抬等现象:

attachments-2020-09-Jznpo7vG5f558820a9db9.png

目前安捷伦2100出的结果图如下:比较重要的指标小编已经在图中注释了,看起来应该比较直观。

attachments-2020-09-h38E5xcx5f558848a5634.png

高通量测序对样品要求很高,但并不是要求样品不能有一点降解,一般轻微降解是符合上机要求的,比如在转录组测序中,样品RIN值具体标准如下:动物:RIN≧6.3;植物、真菌:RIN≧5.8,基线平整(软体等无28s物种);当然,样品合格与否不仅取决于RIN值,还要结合其他指标综合判断。好了,今天RIN值就先介绍到这里,祝您在新的一周里收获多多!

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接基因家族分析实操课程

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?多学点数据处理技能:学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 学生物的必学生信技能:linux系统入门

7. 学生物的必学生信技能:Perl语言入门到精通

8. 学生物的必学生信技能:perl语言高级编程

9. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请扫描下方二维码:

attachments-2018-11-eEmO1t6q5c01489ecbc34.jpg

  • 发表于 2020-09-07 09:10
  • 阅读 ( 194 )
  • 分类:实验相关

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
红橙子
红橙子

50 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 334 文章
  2. 安生水 217 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 50 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章