推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具！
科研绘图是一项基本技能，之前为大家分享过一期我们组学大讲堂绘图工具合集：收藏贴-绘图工具教程合集-科研必需技能！共20类37种绘图方法，基本涵盖了科研常见绘图需求，喜欢的赶紧点击链接查看吧！
今天我再为大家介绍一个绘制基因结构的在线小工具：Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制基因的结构元件，如5' UTR、CDS、外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。下面，我们一起来了解一下Exon-Intron Graphic Maker吧！该在线工具首页十分朴素，如下图，但是用起来还是蛮方便的，只要将对应区域的核酸序列复制粘贴到下图对应的文本框中即可。
不过，使用该工具的前提是我们需要有基因结构的准确信息，基因结构信息可以来自文献、各种数据库、GFF基因组注释文件等。例如，ensembl数据库中拟南芥WRKY基因，以转录组本AT1G66550.1为例；该基因共765bp，254个氨基酸，并且有基因结构的准确信息。
具体做法如下：1. 先把5' UTR和3' UTR序列粘贴到相应的文本框中，然后将该基因序列复制粘贴到中间的文本框中，注意，外显子的序列用大写字母表示，内含子的序列用小写字母表示（word中通过快捷键Shift+F3快速切换选中字母的大小写），或者，用逗号将外显子和内含子分隔开，空格不纳入序列长度的计算中。2. 位置标注（Marker location）：可添加转录起始点，外显子、内含子等位置信息，7种配色可选。3. 蛋白标注（Domain location）：需要注意的是，domain的开始位置是起始密码子ATG，是基于氨基酸而不是碱基，而且计数从1开始，如下图，以颜色区分不同区域，7种颜色可选。4. 标尺默认100bp，可根据自己的基因长度适度调整。
如上图，左边白色的矩形为5'UTR，右边白色的多边形为3'UTR，中间绿、橙、红为三个外显子，黑色折线为内含子，这里我仅简单标注了转录组起始位置及外显子1和内含子1-2；该工具可实时显示绘图结果，调整方便，结果支持PDF版下载，是一款比较好用的绘图小工具，有需要的请收藏吧！最后奉上Exon-Intron Graphic Maker地址：http://www.wormweb.org/exonintron
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- 发表于 2020-03-03 17:01
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- 分类：软件工具
