推荐一款好用的基因结构图在线绘制工具!

科研绘图是一项基本技能,之前为大家分享过一期我们组学大讲堂绘图工具合集:收藏贴-绘图工具教程合集-科研必需技能!共20类37种绘图方法,基本涵盖了科研常见绘图需求,喜欢的赶紧点击链接查看...

科研绘图是一项基本技能,之前为大家分享过一期我们组学大讲堂绘图工具合集:收藏贴-绘图工具教程合集-科研必需技能!共20类37种绘图方法,基本涵盖了科研常见绘图需求,喜欢的赶紧点击链接查看吧!
今天我再为大家介绍一个绘制基因结构的在线小工具:Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制基因的结构元件,如5' UTR、CDS、外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。下面,我们一起来了解一下Exon-Intron Graphic Maker吧!该在线工具首页十分朴素,如下图,但是用起来还是蛮方便的,只要将对应区域的核酸序列复制粘贴到下图对应的文本框中即可。

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不过,使用该工具的前提是我们需要有基因结构的准确信息,基因结构信息可以来自文献、各种数据库、GFF基因组注释文件等。例如,ensembl数据库中拟南芥WRKY基因,以转录组本AT1G66550.1为例;该基因共765bp,254个氨基酸,并且有基因结构的准确信息。

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具体做法如下:1. 先把5' UTR和3' UTR序列粘贴到相应的文本框中,然后将该基因序列复制粘贴到中间的文本框中,注意,外显子的序列用大写字母表示,内含子的序列用小写字母表示(word中通过快捷键Shift+F3快速切换选中字母的大小写),或者,用逗号将外显子和内含子分隔开,空格不纳入序列长度的计算中。2. 位置标注(Marker location):可添加转录起始点,外显子、内含子等位置信息,7种配色可选。3. 蛋白标注(Domain location):需要注意的是,domain的开始位置是起始密码子ATG,是基于氨基酸而不是碱基,而且计数从1开始,如下图,以颜色区分不同区域,7种颜色可选。4. 标尺默认100bp,可根据自己的基因长度适度调整。

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如上图,左边白色的矩形为5'UTR,右边白色的多边形为3'UTR,中间绿、橙、红为三个外显子,黑色折线为内含子,这里我仅简单标注了转录组起始位置及外显子1和内含子1-2该工具可实时显示绘图结果,调整方便,结果支持PDF版下载,是一款比较好用的绘图小工具,有需要的请收藏吧!最后奉上Exon-Intron Graphic Maker地址:http://www.wormweb.org/exonintron

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  • 发表于 2020-03-03 17:01
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  • 分类:软件工具

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