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文章 如何看懂从TCGA下载的甲基化数据

... of the CpG site in reference to the island: Island, N_Shore or S_Shore (0-2 kb upstream or downstream from CGI), or N_Shelf or S_Shelf (2-4 kbp upstream or downstream from CGI) 如果您想学习TCGA数据挖掘，请学习的我TCGA系列课程： 《TCGA-甲基化生存分析》 《TCGA-生...

问题 轨迹分析出现killed报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.Mesophyll.qs -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4 出现killed，代码运行不了

文章 GoMapman-几种模式植物蛋白、代谢物、sRNA关于Mapman注释查询

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链...

文章 细胞培养那些坑：细胞长得慢、不贴壁，还有救吗？

...以换液时不要全量换液逐渐增加新的培养基比例，1/4、1/2、3/4到1，多传代几次，让细胞慢慢适应。 2，细胞密度不够 有些细胞是细胞依赖性细胞，密度过低生长缓慢;也可能是细胞分泌促生长活性物质过少，细胞连接不好等原...

问题 GATK 报错

gatk VariantFiltration : --filter-expression 显示 Input /work/my_reseq/4.snp_indel/var_qc2/BSA_no_filter.vcf   must support random access to enable queries by interval. If it's a file, please index it using the bundled tool IndexFeatureFile该怎么处理呀

文章 科研人汇报必备神器-屏幕标注软件！值得拥有！免费领！

...更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操 2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因...

文章 avereps相同ID取均值（limma包函数）

... 指定数据如下：相同type取均值 > dat   type Num1 Num21     A   90   892     B   34   323     C   56   534     D   99   955     E   15   106     A   50   447     B   20   138     C   24   169...

文章 利用Hiplot网站进行热图绘制

...分组信息的颜色，用于区分不同的样本组。 --颜色画板2：设置基因分类信息的颜色，用于区分不同的基因组。 --字体：设置热图里文字及数字的字体。 --图片导出：常用导出格式为pdf、png、jpeg、pptx。 --宽度/高度：设置输出...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（拟南芥重金属）

...公开数据，挖掘拟南芥中与重金属响应相关基因的文章。2019年发表在PeerJ杂志上，IF=2.353，虽然分数不高但是非常有借鉴意义。 1.数据来源 作者在GEO数据库当中找到了11组和重金属（As, Au, Cd, Pb and Cu）相关的基因芯片表达数...

文章 基因别名alias转换成官方symbol

limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名，通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol 譬如：以人的 AP2基因为例： > alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)[1] "GTF3A"   支持多alias同时转换。修改数组向量元素即...

文章 生信分析-小提琴图绘制-脚本使用

...了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用了小提琴图来展示多组数据的分布状态、概率密度以及它们之间的差异。 从小提...

文章 GWAS与遗传进化中的一些名词解释

...象而导致得到 SNP 可以用来解释用筷子吃饭的习惯的结论[2]。 Single nucleotide polymorphism （SNP）单核苷酸多态性：在基因组中特定位置发生的单核苷酸（即A，C，G或T）变异。SNP 通常以两种不同的形式存在（例如，A与T）。这些不同...

问题 提取CDS和蛋白序列出错

图1：我的基因组fasta序列；图2：longest_isoform.gff3文件；图三：运行报错；出来的CDS文件是空的。我是用的omicsclass/gene-family:v1.0。请问老师，这是情况该怎么解决呢?

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...开启，参考教程开启：https://www.omicsclass.com/article/367。 2. 开启Hyper-V 由于win10家庭版没有Hyper-V选项，需要用如下方法设置： 在桌面新建一个txt格式的文本文档，复制下方命令，粘贴在文本文档里保存，然后重命名为.cmd文件，...