WGCNA 根据KME值筛选hub基因

WGCNA 根据KME值筛选hub基因

WGCNA分析中需要找出模块中也就共表达网络中的hub基因:

这里可以根据:KME (eigengene connectivity)值来筛选hub基因:Hub genes are those that show most connections in the network as indicated by their high KME (eigengene connectivity) value

代码部分很简单,输出所有的基因与模块的KME矩阵,然后筛选每个模块中kme最大的前几个基因就是hub基因:


#mergedMEs是经过相似模块合并之后的最终模块对应的模块特征基因:

MEs = mergedMEs


#输出结果:

datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputColumnName="kME_MM.")							
write.csv(datKME, "kME_MM_test.csv")

还有一种方法WGCNA提供方法:chooseTopHubInEachModule,会给每个模块找出一个hubgene,见:https://www.omicsclass.com/question/134


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  • 发表于 2018-08-22 11:17
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  • 分类:WGCNA

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