利用Hiplot网站进行热图绘制

在生信分析的过程中绘制热图可以直观呈现多样本多基因的全局表达量变化,也可以呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。 而绘制生信热图的方法有很多,常用的有MeV软件、Excel、R语言ggplots绘图...

在生信分析的过程中绘制热图可以直观呈现多样本多基因的全局表达量变化,也可以呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

而绘制生信热图的方法有很多,常用的有MeV软件、Excel、R语言ggplots绘图等等,今天给大家介绍如何在Hiplot网站中绘制热图,只需要导入固定格式的数据文件,就可快速输出聚类热图。

绘制热图是Hiplot的基础模块功能之一,除此之外,也可以绘制转录组数据分析中常用的主成分分析图、气泡图、基因聚类图、火山图、韦恩图等等。
绘制热图网址:https://hiplot.com.cn/basic/heatmap

导入数据

--转录组基因表达量数据

--样本信息(选择性导入)

--基因信息(选择性导入)

注意事项:导入数据格式必须与模板数据格式相同才能进行后续绘制,在导入数据之前需要整理和检查我们的数据成如下格式,做全局标准化热图需提前将数据做标准化。

attachments-2021-11-z6yLkwQS61931666e7a88.png

参数设置

(1)通用参数

--颜色画板:设置样本分组信息的颜色,用于区分不同的样本组。

--颜色画板2:设置基因分类信息的颜色,用于区分不同的基因组。

--字体:设置热图里文字及数字的字体。

--图片导出:常用导出格式为pdf、png、jpeg、pptx。

--宽度/高度:设置输出图片的宽和高,单位是英寸。

--字体大小:设置热图里以基因ID为行的行字体大小和以样品ID为列的列字体大小。

attachments-2021-11-aunXOrZy61931691bde45.png

(2)特殊参数

--热图颜色:设置热图中代表基因表达量高低的渐变颜色。做基因热图时可  以选用极端明显的两种颜色来表示基因的上调和下调,做富集结果热图时可以选用一种颜色通过渐变来表示富集程度。根据不同需求选择不同颜色模式。

--标准化:无/行/列。如果想用全局标准化,可以在导入数据之前对原始数据进行log转换。

--聚类方法:设置样本或者基因的聚类方法,常用选择Word.D2。

--距离度量:设置聚类过程中行或列之间距离的计算方法。默认euclidean。

--聚类:对热图结果中行或列之间顺序进行聚类。也可以不进行聚类,而是按照导入数据中顺序绘制热图。

--显示数值:设置热图方块中是否显示数据数值。

--Top方差:减小数值将筛选掉一些基因表达量在不同样本中变化不大的基因,例如管家基因。

attachments-2021-11-Lw5SZwVv619316b595fe8.png

绘制热图

导入数据并设置好参数之后,就可以点击下方提交按钮进行热图绘制。如图:

attachments-2021-11-9NfuqVtk619316d6d506b.png



  • 发表于 2021-11-16 10:26
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  • 分类:科研作图

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