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问题 我现在遇到的问题就是在基因家族中去除多余的转录本的时候提取不到对应的基因号

#geneIDmRNAID BGIOSGA001544-PABGIOSGA002576-PABGIOSGA002811-PABGIOSGA004679-PABGIOSGA005940-PABGIOSGA005943-PABGIOSGA006009-PABGIOSGA006978-PABGIOSGA007501-PABGIOSGA008831-PABGIOSGA009909-PABGIOSGA010345-PABGIOSGA012193-PABGIOSGA013468-PABGIOSGA013470-PABGIOSGA015005-PABGIOSGA015006-PABGIOSGA016495...

文章 读博的目的，就是为了进高校当老师？真相是——

...校当大学老师，至少得是博士+留学经验， 没有去海外镀个金，基本是没希望的； 普通一本二本院校，最低也得要985/211高校的博士毕业生， 博士都是博士，但是也要看“出身”， 现如今，清华北大博士都争当中学老师还有...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

https://github.com/BostonGene/MFP # Python3.7import pandas as pdfrom portraits.clustering import clustering_profile_metrics, clustering_profile_metrics_plotfrom portraits.utils import read_gene_sets, ssgsea_formula, median_scale# Example script# Read signaturesgmt = read_gene_sets('signatures.g...

文章 bwa-mem2的用法

...本极大降低了内存和存储使用量（使用了FM-index，和 8x compression） 最初的bwa是由李恒开发的. bwa-mem2的性能增强主要由英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md（@yuk12）和Sanchit Misra（@sanchit-misra）完成。Bwa-mem2在麻省理工学院许可证下...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...orphisms)即单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。 SNP作为第三代遗传标记，分布非常广泛，在遗传分析，疾病诊治，分子育种和种群生态评估等诸多...

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...MALDI-MSI需要对样品进行处理，喷涂基质，样品可以保存的更好，空间分辨率高，结果更为稳定。 内容摘自： http://www.junfeix.cn/services/spatial-metabolomics/

文章 如何高效的管理技术开发团队

在任何一个项目开发或设计中，项目管理都会被认为是最重要的过程之一，因此，选择一款适宜的项目管理工具尤为重要。   而高效的、良好的项目管理必须具备「快速、强大」且包含以下功能：   1. 需求管理：项目的需求...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

问题 tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

用这个命令跑run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h /mnt/data/lj/tassel1/hapmap.hmp.txt -fork2 importGuess /mnt/data/lj/tassel1/trit.txt -combine3 -input1 -input2 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export hd_GLM报错说我的importGuess开始不是with dash？  dash到底是个啥东西...

文章 add a Convex Hull with module

...化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 # add a Convex Hull library(ggforce) # for geom_mark_hull or geom_encircle p1 <- ggraph(g, layout = "fr") + geom_edge_link(aes(color = type, width...

文章 火山图--ggplot2

ggplot2包绘制火山图加载R包以及案例数据temp1 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864...

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

...单细胞测序数据进行降维聚类时，执行该代码后报错Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds all.sample.merged.rds  \  --resolution 0.5 -d 30 \  -p pbmc   -o pbmc 报错内容为：Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/gridExtra/R/gridExtr...

文章 AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

...r: 'LayoutLine' object has no attribute 'color' 这是由于输入第二个配置文件多了一个空行如下，删除空行运行成功；  所以最后不要有空行。 更多分析内容见：《基因家族分析实操课程》 更多生物信息课程：1. 文章越来越难发...

问题 重测序circos运行失败

...其他不相关染色体给删掉后还是出现这样的情况，其中有个问题老师您回答“基因组没有组装到染色体 ，这个图绘制会报错”，没理解什么意思，麻烦老师抽空解答，麻烦您了。  *** CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_reseq/8.circos...

文章 arrow 安装失败可

CMake Error at utf8proc_ep-stamp/utf8proc_ep-download-RELEASE-impl.cmake:9 (message): Command failed (1): '/usr/local/bin/cmake' '-P' '/tmp/Rtmp2YramV/filec14344f44c6c/utf8proc_ep-prefix/src/utf8proc_ep-stamp/download-utf8proc_ep.cmake' CMake Error at utf8proc_ep-stamp/utf8proc_ep-downl...