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问题 单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加不上

...的Idents,并添加细胞类型信息到metadata中,并增加mycelltype列时,增加不上,Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype,tsv文件的两列分别为cluster和celltype,是否...

文章 叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

...。一、细胞器基因组重复序列分类串联重复序列(tandem repeats),由重复单元首尾相连、成簇排列而成。简单重复序列(SSR)是串联重复中的一类,但一般在细胞器基因组的重复序列分析中会单独展示。散在重复序列(dispersed repea...

文章 plotrix包画扇形图

...lot函数 以dat数据为例: > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 ggplot2绘制的结果如下图(https://www.omicsclass.com/article/415): 利用fan.plot绘制的扇形图如下: > library(plotrix)> fan.plot(dat$Num,labels ...

文章 为考研有多拼?——这位医学生给自己扎针醒脑!

...都不同,但唯一相同的是,我们想追求更高的学历、获得更好的生活, 读研也并不仅仅是一文凭,它意味着更大的平台、更广阔的视野、更包容的环境,最重要的是,你有了重新认识自己的机会,无限未知的前途在等着你。 ...

文章 进化树中bootstrap值设置

Evolview这款在线软件在进化树修饰方面非常出色。在设置Bootstrap值的显示方式上也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:0.43;”进化树必须含有bootstrap值。 2.点击 “Basic > sho...

文章 全能核酸酶SuperNucleaseFAQ详解:解开核酸酶的神秘面纱

...双链、单链、线状、环状的DNA和RNA,完全将核酸降解成3~5碱基长度的5'-单磷酸寡核苷酸。义翘神州不仅可以提供研究级核酸酶,依托于ISO 13485和GMP体系,还可提供高效、高质量、应用广的GMP级别全能核酸酶。同时我们提供核酸...

文章 免费下载中文文献神器-iData知识检索

iData知识检索是一十分强大的文档搜索网站,是全球最大的知网镜像,支持免费下载中文期刊、硕博学位论文、会议论文、报纸全库等,以及部分年鉴内容(年鉴需要通过cnki镜像下载),iData搜索结果基本上和知网一样,输入文...

文章 GWAS与遗传进化中的一些名词解释

名词解释 Linkage disequilibrium(LD)连锁不平衡:给定种群中同一染色体上不同基因座等位基因之间非随机关联的一种度量。当其等位基因的关联频率高于随机分类下的预期频率时,SNP 位于 LD 中。LD 涉及 SNP 之间的模式。 Minor all...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法,参数

... databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro. But H...

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...人生必定是绝望的。 对此,小编深有体会,只70多基因,就用了三四小时来下载,费时又费力。还好,昨天Boss安利了一python脚本,能够快速的从NCBI上搜索并下载所需的序列,再也不用这么费劲啦!今天呢小编就赶紧...

文章 GATK ERROR MESSAGE

再跑GATK的时候遇到这样一问题: 运行命令: /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analys...

文章 性价比超高5重测序发IF=6遗传进化文章

...拔区域高寒胁迫和强紫外线照射胁迫相关; Torsten Günther1,2, Christian Lampei1, Ivan Barilar1, and Karl J. Schmid1. Genomic and phenotypic differentiation of Arabidopsis thaliana along altitudinal gradients in the North Italian Alps.2016.Molecular Ecology.

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...ime1并且也习惯使用qiime1的分析流程。因此我们提供这ampliseq1镜像仍然安装qiime1,但也会安装:mothur ,usearch 软件方便大家分析数据,qiime2会安装在另一单独的镜像中,后续发布; 镜像下载使用方法 1)首先系统中docker安装...

文章 送你一小巧好用的序列分析软件-APE-功能强大,操作简单!

...,引物前数字是引物起始位置: 3. 序列比对 打开两序列文件,点击Tool中Align two sequence,可以对两序列进行比对,其中不同序列部分会红色标注,序列差异一目了然。 4. 与NCBI序列比对 APE软件还可以将序列直接与NCBI数...

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

... 三基因组共线性分析 之前的文章讲的是葡萄与桃子两基因组的共线性分析,除此之外,如果我还关注桃子与可可基因组之间的共线性,那么我们是否可以将三基因组的分析结果放在一张图中呢?答案是肯定的,具体方法...