SNP检测Massarray法怎么样?中高通量大样本适用吗?

SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。

SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。

SNP作为第三代遗传标记,分布非常广泛,在遗传分析,疾病诊治,分子育种和种群生态评估等诸多领域有十分重要的意义。

进行SNP检测的方法有很多,如直接测序法、taqman探针法、massarray法、芯片法、高分辨率熔解曲线法、KASP法等。

如果要对tens or hundreds的SNP位点在hundreds or thousands样本中进行检测,比如临床上指导用药相关SNP的检测(伴随诊断)、科研中对有限数量SNP的相关研究、潜在诊疗疾病相关SNP的大量样本验证等等,那么我们推荐你使用——massarray法!

massarray法是利用桌面式质谱仪来进行检测,具有检测成本低、周期短、灵活、实验操作和数据分析简单等特点,是中高通量靶点检测实验室的最佳选择。该技术目前已在全球范围内得到广泛应用,覆盖药物基因组学、遗传性疾病、肿瘤及液体活检、传染性疾病等各个领域。

检测原理

massarray法基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(Matrix Assisted Laser Desorption /Ionization-Time of Flight, MALDI-TOF),该技术完美地整合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量和质谱技术的高精确度,是目前唯一应用质谱直接检测SNP的技术平台。

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massarray法的优势

相对于其它SNP检测方法,massarray法的优势有很多:

1)靠谱准确

PCR+质谱,原理经典简单,仪器稳定灵敏,检测标的为质量变化,比基于碱基互补配对的探针杂交、基于溶解曲线的HRM检测标的更加绝对,原理更加坚实,结论更加可靠。

2)更灵敏

可以检测5%的SNP,够用。基于PCR+Sanger测序的检测方法难以达到。

3)对序列要求低

这点主要是与基于限制性内切酶的PCR-RFLP对比来的。

4)通量高

对比单次反应检测一个SNP位点的Sanger测序和ARMS-PCR、受限于荧光通道的探针杂交和ARMS-PCR,单管检测40个SNP的massarray通量够高。

5)速度快

单管检测仅需几秒。

6)性价比高

NGS当然可以检测SNP,但每个样本仅检测几十到上百的SNP位点,且样本量在百千数量级,从数据冗余、时间和金钱方面来看,NGS的性价比都太低!

7)更灵活

NGS必须凑够样本数量才能充分利用每次上机得到的数据量,从数据量角度,Massarray没有单次检测的最低样本数要求。

除此之外,massarray法也有一定的缺点:

1,需要特殊的仪器设备;

2,不能检测未知的突变;

3,每次检测样本和位点数有一定要求。

所以,massarray法适用于有相关仪器的实验室,或者大量样本同时进行多位点分型检测,如果你的实验室没有相关仪器,或者处理不了大量样本怎么办呢?

推荐——巴菲尔SNP检测服务

根据您对检测通量的不同需求,巴菲尔可提供高度准确和可重复的massarray系统技术服务,只需要您提供详细的SNP位点信息,巴菲尔生物将提供标准的实验流程报告及SNP实验结果分析报告,让您的实验全程无忧。

除此之外,巴菲尔生物还可提供直接测序法、taqman探针法等多种SNP检测检测方法,并且还可以根据您提供的待测位点信息、样本数量等推荐合适的方法进行检测。巴菲尔拥有近10年的科研技术服务经历,在生物技术服务方面有着多年的经验积累和技术保障,大家可以完全放心。

学霸姐姐只能帮你到这里了,剩下的就靠你自己了~

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生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪,
努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些事儿呈现给大家,
关注一个好不啦~
  • 发表于 2019-09-07 15:29
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  • 分类:实验相关

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