我现在遇到的问题就是在基因家族中去除多余的转录本的时候提取不到对应的基因号

#geneIDmRNAID

BGIOSGA001544-PABGIOSGA002576-PABGIOSGA002811-PABGIOSGA004679-PABGIOSGA005940-PABGIOSGA005943-PABGIOSGA006009-PABGIOSGA006978-PABGIOSGA007501-PABGIOSGA008831-PABGIOSGA009909-PABGIOSGA010345-PABGIOSGA012193-PABGIOSGA013468-PABGIOSGA013470-PABGIOSGA015005-PABGIOSGA015006-PABGIOSGA016495-PABGIOSGA025712-PABGIOSGA026849-PABGIOSGA037938-PABGIOSGA038642-PABGIOSGA039232-PABGIOSGA039662-PABGIOSGA040099-PA


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是ID不对应,看看你的蛋白序列里面的ID与GFF里面的mRNA的ID一致;

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夏晚迎风

对的就是蛋白id跟我注释文件中的mRNA不对应,然后我利用脚本提取CDS也提取不到。我下载的是Oryza_indica.ASM465v1.53这个基因注释文件。

然后我反复比对,我只能猜测是那个脚本提取的基因号是不是不对应啊。

然后我想做的是目的基因家族在水稻里面的鉴定,不知道我下载的水稻基因库是不是正确的,

多谢老师!!!

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  • 夏晚迎风 提出于 2022-05-14 21:20

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