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问题 tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

用这个命令跑run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h /mnt/data/lj/tassel1/hapmap.hmp.txt -fork2 importGuess /mnt/data/lj/tassel1/trit.txt -combine3 -input1 -input2 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export hd_GLM报错说我的importGuess开始不是with dash？  dash到底是个啥东西...

文章 读博的目的，就是为了进高校当老师？真相是——

...校当大学老师，至少得是博士+留学经验， 没有去海外镀个金，基本是没希望的； 普通一本二本院校，最低也得要985/211高校的博士毕业生， 博士都是博士，但是也要看“出身”， 现如今，清华北大博士都争当中学老师还有...

文章 add a Convex Hull with module

...化的群落里加上Convex Hull ,类似这样,如何实现呢,可以借助ggforce的geom_mark_hul 比如我们的示例代码稍作修改 # add a Convex Hull library(ggforce) # for geom_mark_hull or geom_encircle p1 <- ggraph(g, layout = "fr") + geom_edge_link(aes(color = type, width...

文章 SNP检测Massarray法怎么样？中高通量大样本适用吗？

...orphisms)即单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。 SNP作为第三代遗传标记，分布非常广泛，在遗传分析，疾病诊治，分子育种和种群生态评估等诸多...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

https://github.com/BostonGene/MFP # Python3.7import pandas as pdfrom portraits.clustering import clustering_profile_metrics, clustering_profile_metrics_plotfrom portraits.utils import read_gene_sets, ssgsea_formula, median_scale# Example script# Read signaturesgmt = read_gene_sets('signatures.g...

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

...单细胞测序数据进行降维聚类时，执行该代码后报错Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds all.sample.merged.rds  \  --resolution 0.5 -d 30 \  -p pbmc   -o pbmc 报错内容为：Error: cannot open file '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/gridExtra/R/gridExtr...

文章 如何高效的管理技术开发团队

在任何一个项目开发或设计中，项目管理都会被认为是最重要的过程之一，因此，选择一款适宜的项目管理工具尤为重要。   而高效的、良好的项目管理必须具备「快速、强大」且包含以下功能：   1. 需求管理：项目的需求...

文章 火山图--ggplot2

ggplot2包绘制火山图加载R包以及案例数据temp1 library('ggplot2') head(temp1,10)       -log10FDR      logFC Regulate64170   1.971938 -2.2884388     Down6674    1.864104 -1.2460804     Down7401    1.864104  1.2950939       Up57217   1.864...

文章 基因家族分析课程更新2.0

...D不对应的问题例如上面的玉米基因组，序列中的蛋白ID与GFF中的m RNA ID不对应导致出错，我们使用AGAT自动提取基因组中的cds，可以使GFF与蛋白ID保持一致，为后续的分析扫清障碍。解决进化树构建序列截取问题采用 trimAl 自动修...

文章 Evolview：制作图例

...号分隔的文本图例下面包括的内容的名称，如“groupa,groupb,groupc”!LegendStyle or !Stylerect or circle or star图例内容前面的形状类型；默认为矩形!LegendColors or !Colors逗号分隔的颜色编码或者名称图例内容前面的形状的颜色，如“'red,gre...

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...MALDI-MSI需要对样品进行处理，喷涂基质，样品可以保存的更好，空间分辨率高，结果更为稳定。 内容摘自： http://www.junfeix.cn/services/spatial-metabolomics/

文章 AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color'

...r: 'LayoutLine' object has no attribute 'color' 这是由于输入第二个配置文件多了一个空行如下，删除空行运行成功；  所以最后不要有空行。 更多分析内容见：《基因家族分析实操课程》 更多生物信息课程：1. 文章越来越难发...

问题 reads 与基因组进行比对map

按照老师讲的输入命令，命令如下： hisat2 -p 1 --rg-id=SRR1107723_1 --rg SM:SRR1107723_1 --rg LB:SRR1107723_1 --rg PL:ILLUMINA -x $REF_INDEX --dta -1 $workdir/2.data_qc/SRR1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2&gt;SRR1107723_1.summary 结果中只有SRR1107723_1.summary，打开...

问题 重测序circos运行失败

...其他不相关染色体给删掉后还是出现这样的情况，其中有个问题老师您回答“基因组没有组装到染色体 ，这个图绘制会报错”，没理解什么意思，麻烦老师抽空解答，麻烦您了。  *** CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_reseq/8.circos...

文章 Bedtools的简单使用—文件格式转换

...法工具集，可以对基因组广泛使用的数据格式如BAM、BED、GFF、VCF等进行交集、并集、计数及格式转变等操作。想更详细的了解Bedtools可参考官方教程：bedtools: a powerful toolset for genome arithmetic — bedtools 2.30.0 documentation。 基因组特...