WGCNA分析中，在某红色格子里成负相关(p<0.05)，然后在做Module membership vs. gene significance时，结果反而为正相关，也有意义，可以帮我解释一下吗？性状都是二分类，0，1. 谢谢！
###alpha和beta多样性分析 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \ --p-sampling-depth 16900 \ 这个16900是怎么确认的？云课堂视频课程这部分被剪掉了，跳了3分钟
使用说明： Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-s seed] [-l lambda] [-P predict.time] ...
在带有GROUP信息的structure图当中，每一个K值柱状图下面的样品顺序都是相同的，能不能直接在最下面或者最上面显示样品名而不是在每个图下面显示，代码因该如何修改 这个是绘图的代码 p<-plotQ(qlist,imgoutput="join",#showlegend=T,r...
...域，通常位于基因的启动子附近。其定义主要基于以下几个特征：高CpG含量、高于预期的CpG观察值与期望值比、相对较长的长度以及通常处于未甲基化状态。这些特征使得CpG岛成为基因启动子区域和调控元件的常见位置。 CpGplot...
查找当前安装的OpenSSL版本 rpm -qa|grep ssl 代码语言：javascript复制#指定对应版本进行卸载 yum -y remove openssl-1.1.1g-15.el8_3.x86_64 代码语言：javascript复制#可以去该地址下载自己想要的版本的OpenSSl https://www.openssl.org/source/old/1.0.2/openssl...
我的脚本 library('ggplot2') ##工作目录ã€æ–‡ä»¶è®¾ç½? getwd() workdir="D:/ggplot2/enrich" gofile="D:/ggplot2/enrich/GO.Enrichment.txt" setwd(workdir) ##相关阈值ã€æ ‡ç¾è®¾ç½? enrich=0.05 minFDR = 1e-15 xlab="GO_N...
...序列间的保守性；看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果；今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图： 1. 获得蛋白质序列 这里我直接在NCBI上搜索一下WRKY基因家族基因的蛋白质序列来进行后续的分析...
...以，可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提取串联重复基因序列的脚本，可以将每组串联重复基因序列提取到单独的文件中。 首先我们需要准备3个文件： 1.串联重复基因对文件。每一行是一对串联重复...
...0028805Chr1 54966087Chr1 57228272 2. 要处理的vcf文件（snp/indel）。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下： 3. 处理命令： bgzip snp.vcf #压缩tabix -p vcf snp.vcf.gz #建索引bcftools view -R ...
perl中#!/usr/bin/perl意义： '#!'这个符号源自于unix。'#!/usr/bin/perl'-其实是个具有特殊意义的注释，实际上它是告诉操作系统，这个文件中的内容，应该由存放在/usr/bin/下的perl程序执行。而在Windows下这个是不需要的，而大家习惯于...
...在利用数据绘制热图的需求。如果你会编程，利用R、MATLAB 等，完成热图的绘制轻轻松松没烦恼，其次你还可以利用热图绘制软件完成目标，但是你知道怎么利用Excel画热图吗？ 众所周知，Excel是一款强大的电子表格软件。直...
...问题。但是实际上并不生成任何文件。 run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \ -PrincipalComponentsPlugin -ncomponents 3 -covariance true -endPlugin \ -export pca -runfork1
...序列比对在保守区域鉴定，系统发育分析，motif识别等多个领域发挥重要作用，是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具，支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下http://www.clustal.org/ Clust...
...滤多重比对reads的命令如下： samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam 其中参数： -q 1：过滤掉比对质量小于1的reads； -F 4：过滤掉没有比对上的reads； -F 256：过滤掉...