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文章 细胞培养步骤梳理:细胞复苏、传代、冻存中的细节问题

...;为了防止污染,可以加1%双抗! 常见问题解答: Q:针对同细胞,细胞培养基配方一样吗?如何获知呢? A:同细胞的培养基是同的。一般ATCC购买的细胞,针对同细胞株,会有详细介绍,包括生长的状态图、培养基的类型...

文章 NCBI下的10X 空间转录组数据如何读入cellranger or spaceranger

...mkfastq 产生,下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析;第二个例子是同一个样本两个lane测序,需要合并一起分析; 大家注意文件命名方式,蓝色和红色部分; spaceranger命名规则 [Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001...

问题 镜像下

您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

文章 deepseek绘图之--多组学相关性热图

...组学分析中,经常需要绘制多组学相关性热图,用于展示同组学数据(如转录组学、蛋白组学、代谢组学、微生物组学等)之间的相关性关系。这种热图可以帮助研究者发现同层次生物分子之间的关联模式。然而,传统工具如R...

文章 HPA:人类蛋白图谱数据库

1.  TISSUE ATLAS     查看和分析蛋白编码基因在同组织和器官中的表达情况      以PAX8为例 2.    SINGLE CELL TYPE ATLAS     单细胞类型图谱包含13种同人体组织的单细胞RNA测序(scRNAseq)数据,以及内部生成的免疫组织...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 纠错软件-HECIL

...来自IBM。 1. 软件的安装 安装比较简单,从github 上下下来即可。 git clone https://github.com/NDBL/HECIL.git cd HECIL # 设置如下软件和脚本具有可执行权限,这一点非常的重要。 chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh 如果遇到samtools, bwa 依赖...

问题 镜像安装

老师,您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

在生物和统计学上,做率统计、突变分布、GWAS关联分析的时候,我们经常会看到一些非常漂亮的manhattan plot,能够对候选位点的分布和数值一目了然,如下: 怎么样,是是很好看呢?其实这种图我们也是可以画出来的。 ...

问题 docker出现问题

docker一直处于这样的状态,电脑版本如下 前期准备工作完成 查了很久都没有解决,请老师帮助

文章 IF=9.4|多组学解析大口黑鲈高温胁迫适应机制

...tive responses of largemouth bass to high temperature stress”的多组学分析文章。”大口黑鲈是重要经济淡水鱼,全球变暖导致高温胁迫发,引发其死亡率上升、养殖损失加剧,但高温适应调控机制研究匮乏。通过多组学及形态生化分析,...

文章 年龄相关性黄斑变性AMD

...验研究基于生物信息学方法对AMD患者的转录组学数据进行分析,发掘出AMD发病过程中可能发挥重要作用的基因并进行验证,进行相关基因的功能学分析,探讨差异性表达基因在AMD的发生及发展过程中的作用机制,并进一步研究AMD同...

文章 Orthology 定义

...诞生了第一个大规模的直系同源预测方法,即“双向最优匹配” (bidrectional best hit, BBH) 法,它考虑的是互为比对得分最高的序列对,在系统发育距离意义下的对应概念是“相互最短距离” (reciprocal shortest distance)。 然而,BBH和RSD...

文章 用R做蛋白互作分析

差异分析完成之后,可以做一个蛋白互作网络分析,看看差异蛋白只能有那些基因间存在相互作用。实现这样的目标,方法有多种。一般比较常见的是采用STRING 这个网站,在网站上分析。其实采用R包STRINGdb也可以实现。代码参...

文章 探讨敏捷开发在软件开发中的应用

...目。   以前我们接受过的思想是立项后先要需求调研、分析,调研后出各种调研报告及需求说明书,需求搞定后,再进行概要设计(UE设计、UI设计、交互设计、数据库设计、框架设计),概要设计完成后再进行详细设计……...

问题 服务器超过5个线程,被killed。请问怎么使用名单规定线程?下面命令如何修改规定线程。

docker run --rm -v /home/us180/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v2.0