年龄相关性黄斑变性AMD

年龄相关性黄斑变性AMD

年龄相关性黄斑变性(Age-related Macular Degeneration,AMD),是造成60岁以上老年人视力障碍的主要原因,分为两种类型,一种是干性的(萎缩性),占AMD的85%-90%,是由于视网膜色素上皮细胞(Retinal Pigment Epithelium,RPE)和光感受器细胞缺乏而形成的地图样萎缩(Geographic atrophy,GA)。另外一种是湿性的(新生血管性),是由于脉络膜新生血管(Choroidal neovascularization,CNV)导致出血和渗出进入RPE和视网膜感觉层之间。世界卫生组织表示,AMD已在全球范围内成为失明的主要原因,在白内障和青光眼之后排名第三。近年来,我国AMD患者的发病率呈逐年上升趋势。随着我国人口老龄化问题的加重,AMD患病率将进一步增高,目前大多数受影响的患者还没有特效的治疗方法。抗血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)玻璃体腔内注射治疗,是目前最有效的抑制新生血管生成和控制血管渗漏的方法,但只有40%的患者能够改善视力。此外,CNV患者对抗VEGF治疗的反应有很大的差异性,而GA尚没有确切有效的治疗方法。这些均在生理、心理、经济、生活质量及社会交往等多方面给患者和家庭造成了巨大负担。目前,研究发现遗传因素、氧化应激损伤因素、免疫因素等被认为是影响AMD发生的主要原因,但是其具体的发病机制尚不完全清楚。眼部及全身的某些基因表达的异常进而引起的生物学分子表达量的异常是否对AMD的发生及病程具有预警作用尚不清楚。既往的研究在寻找与某种疾病相关的基因时,仅关注于某一个或某一些感兴趣的基因,往往导致研究效率低下。但随着“基因组学”方法的应用,涌现的海量数据为我们提供了非常重要的研究平台,极大地提高了搜寻出某种疾病相关基因的效率。通过应用生物信息学技术,我们能够从这些大量数据中发掘出重要的信息,帮助我们阐明疾病的分子机制和发病机制等。基因表达谱学的研究为我们提供了一个全新的机会去研究基因表达的调控,比如在疾病的发病及进展过程中相关基因表达的变化。为进一步研究AMD的分子发病机制,寻找AMD相关的生物标记物,更好地为AMD的诊断、治疗和预防提供科学依据,本实验研究基于生物信息学方法对AMD患者的转录组学数据进行分析,发掘出AMD发病过程中可能发挥重要作用的基因并进行验证,进行相关基因的功能学分析,探讨差异性表达基因在AMD的发生及发展过程中的作用机制,并进一步研究AMD不同临床治疗方案的疗效,以指导临床诊断及治疗。本研究第一部分基于NCBI高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中已发表的基因表达谱芯片数据进行整合分析,原始芯片数据来源GEO数据库收录的GSE76237与GSE29801表达谱芯片数据。采用Agilent-014850 Whole Human Genome Microarray 4x44K G4112F表达谱芯片进行检测。本次分析分别从全血单个核细胞表达谱芯片与病变组织样本表达谱芯片两个角度进行数据整合分析,得出差异性表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),并进行这些差异性表达基因的功能学分析。


数据集:GSE50195    GSE29801    数据挖掘文章:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33383027/



日本人 GWAS关联分析发现AMD 相关基因 (2011年NG IF=38 ) :  https://www.nature.com/articles/ng.938

黄斑变性视网膜单细胞分析( 2019 NC  IF= 14.9):https://www.nature.com/articles/s41467-019-12780-8  

黄斑变性大样本量 eQTL分析(2019 NG  IF=38) : https://www.nature.com/articles/s41588-019-0351-9 

单细胞+eQTL黄斑变性 (2020 CELL REP  IF=9.4)  : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124719317474


干性 黄斑变性综述: https://www.nature.com/articles/s41467-019-11262-1 

  • 发表于 2022-01-24 16:10
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