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问题 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ...为什么hisat2有这个选项却报错

直接下载的是clean_data所以跳过质控直接做map,修改了代码如下 for i in SRR9113321 SRR9113322 SRR9113323 SRR9113324 SRR9113325 SRR9113326 SRR9113327 SRR9113328 SRR9113329 SRR9113330 SRR9113331 SRR9113332 SRR9113333; do echo "RUN CMD: hisat2 -p 1 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg L...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

如果想获得最新的信息，可以通过R包TCGAbiolinks中的getGDCprojects()方法得到： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){    install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中...

文章 circos改变某两条染色体之间的距离

... 绝对值定义 绝对值的是通过像素定义，对应的后缀为p,代表pixels。比如radius  = 1000p 相对值定义 相对值对应的后缀为r,代表relative的意思。在etc/image.generic.conf文件中，定义了参照的radius radius of inscribed circle in imageradius      ...

问题 win10无法正常启动大于1G内存的GSEA

请教大家一个问题，我重装乐window10之后，在使用GSEA的时候出现了问题。只能打开1G内存的软件，命令行和直接点击登陆都一样。可是我的电脑是8G的，虚拟内存有大概12G。命令行错误提示如下：（但是我的内存实际上由8G，最大...

文章 vscode如何下载安装并连接服务器

... 在输入框键入chinese（英语熟练者忽略这一步）install第一个 随后键入remote（同样安装第一个，我这里已经装过了） 随后重启一下软件，就是中文的啦 这两个推荐安装，其余还有很多拓展可供选择，比如最基础的，你是什么语...

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

...因素，只有掌握了更多关于时间和工作的数据，我们才能更好地执行计划，在预算范围内按时完成项目。 燃尽图就是用来反映此类项目数据的工具，常用于敏捷软件开发中，如Scrum。它可以呈现剩余工作量和可用剩余时间，并...

文章 最新2区SCI思路解析—杨树TPS/TPP基因家族的系统分析

...TPS和TPP综合分析的报道，故作者在基因组水平上对上述两个基因家族进行了系统分析，为TPS和TPP深入研究及杨树遗传育种研究奠定基础。 结果内容 1. 杨树中PtTPS和PtTPP家族成员的鉴定作者以拟南芥AtATPS和AtTPP序列为种子序列通...

文章 Nature Medicine同期8篇论文，聚焦人工智能在医学领域的应用

...智能的使用，特别是深度学习。在医学方面，这开始在三个层面产生影响：对于临床医生来说，主要是更快速、准确的图像分析；对于卫生系统来说，通过改善工作流程和减少医疗差错；对于患者来说，使他们能够处理自己的数...

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

...2 转换 normData1 <- log2(normData) # 对表达数据框进行转置 exprSet <- as.data.frame(t(normData1)) # 以差异表达基因的第一个基因为例 diff_gene <-row.names(diff_expr_out)[1] # 通过样品的barcode 进行样品的分类（癌症，癌旁） exprSet$type <- factor(...

文章 腾讯敏捷之道，实施敏捷开发,看我就够了

...快，客户要求越来越高，为了满足用户的需求， 人家一个星期发一个版本，我们仨月才能憋出一个来 ， 那还不被打的满地找牙？   问题是如何才能反应迅速？  我们先来看一个场景：   一、残酷的现实 软件开发有一大难...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_column.r       [-h] -i input -m idlist [-c colname] [-o outdir] [-p prefix]get data by column IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input          ...

问题 wgcna

...能用来分析吗，是不是要舍弃掉。它的cor实在是低，并且P值＞0.05。红色模块是不是还可以继续分析。

问题 docker虚拟机安装失败

...身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum &gt;containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . containers.txt 2^&gt;nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del conta...

问题 iqtree模型选择问题

...选择的时候总是被kill掉，因为我这边服务器内存只有188G。 这个文件当时在过滤SNP的时候其中一条过滤标准是miss 0.95，这样子下来会获得七千多万个位点，我能不能再构建进化树的时候，单独生成一份文件，把miss 0.95调成miss 1...

文章 从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

...ene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_emoved_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 -out gene_exon_info.gff 输出结果（部分）： 脚本源代码： use Getopt::Long; my %opts; use Data::Dumper; GetOptions( \%opts, "in1=s", "in2=s", "out=s", "h" ); if ( !define...