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问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

...,returnplot=T,exportplot=F,quiet=T,basesize=11,grplab=onelabset,grplabsize=2,linesize=0.8,clustercol=clist[[opt$pallete]],showindlab=T,sharedindlab=F,useindlab = T,#indlabheight=4,#sortind="all",ordergrp=TRUE,indlabangle=90,indlabvjust=1,indlabsize=4,showyaxis=T,showticks=T,splabsize=3,pointsize=4)

文章 转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？

...时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第一：样品的处理，...

文章 docker配置国内源加速下载，linux版本

...其他未验证。 1、关闭 Docker 服务 sudo systemctl stop docker 2、修改配置文件 vim /etc/docker/daemon.json 增加/更新"registry-mirrors"字段 { "registry-mirrors": [ "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn" ] } 注：需确认"daemon.json"的位置。 3、重...

问题 在进行全基因评估后，出图不正确，同时在进行hifiasm三代组装的时候总是出现问题

图1是基因组评估问题，图2是进行hifiasm三代组装出现的问题，， k的取值对评估结果影响大吗，比如k取17或者19

问题 猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源，怎么修改代码？

...这个代码应该怎么修改？Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.T.rds -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4

文章 使用bcftools文件提取vcf文件子集

...文件id.list。文件示例如下： Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272        57231222或者指定具体位点Chr1    11787600Chr1    30028805Chr1    54966087Chr1    57228272 2. 要处...

问题 hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

老师好，在鉴定C2H2类的转录因子时，我先使用命令：hmmsearch --domtblout C2H2_hmm_out.txt --cut_tc PF00096.hmm pep.fa搜索，其次用已经功能鉴定的拟南芥和番茄的同源序列做blast，两者得到的结果没有交集。我发现在删除参数--cut_tc后得到的h...

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据，警惕有多次随访数据

...出现这种情况的原因： 1. 随访曾中断过: 存在多次随访 2. 出现了新的癌症：不同的癌症记录，随访时间不一样 3. 接受手术治疗： 接受了手术的治疗，增加了新的随访数据 这个临床信息非常的复杂，所以在分析数据时，一定...

问题 biolinux虚拟机一直黑屏，尝试在设置—常规—版本中修改，找不到64位的版本

1、biolinux虚拟机一直黑屏 2、看社区问答里说要把操作系统对应64位，但是我这里没有64的，一直按教程里的安装的，磁盘空间也还足够 请问这要怎么解决？

问题 关于基因家族共线性分析：MCScanX和circos都可以做共线性分析，有区别吗

《基因家族分析 19年版》课程中关于基因家族共线性分析： 1、MCScanX和circos都可以做共线性分析，有区别吗？2、课时17：这两个文件是怎么得到的？

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

... 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056    + Chr15   30651747        30651846        16      U       100     scaffold        yes    ...

文章 提取bam/sam文件指定区域reads

...，第二三列分别为起始终止位置                例： 12  21100  41200  #取12号染色体21100-41200区间的序列 之后如果是sam文件,先转成bam文件： samtools view -Sb  reads.sam >  reads.bam 然后就可以使用bedtools来提取reads啦，命令如下...

文章 windows安装Aspera Connect软件

...nect，会下载一个.msi结尾的文件，打开默认安装即可。 2.添加环境变量 找到软件的安装路径，默认安装一般会安到这里：C:\Program Files\IBM\Aspera Connect\bin，大家可以找一下或者搜索 ascp.exe 这个文件。 鼠标右键“我的电脑”...

文章 TeamViewer 解决外网远程访问内网

...本的软件。并启动TeamViewer 服务, 设置一个账户和密码。 2. 在自己的机器上也安装TeamViewer  在自己的机器上也安装TeamViewer ，启动软件，登录对应的账户和密码，就可以将远程机器上的屏幕投射到自己的机器上.

文章 docker容器文件为root，出来之后主机无权限解决办法

...ID： $ iduid=1001(us001) gid=1001(us001) groups=1001(us001),978(docker) 2.进入容器，将root用户的文件夹，改成自己的，注意后面的 * 表示所有的文件及文件夹 $ chown -R 1001:1001 * 操作截图：