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问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下： 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错，文件如下： 只有mRNA ID，没有gene ID，请问是怎么回事？是不是要对gff文件修改，怎么修改？

文章 在线绘制聚类热图（heatmapper）

...类文章中常见的一种分析内容。今天小编就给大家讲解一个在线绘制聚类热图的方法。 我们使用的在线工具网址： http://www.heatmapper.ca/expression/ 打开后的页面是如下所示： 该在线工具有几个优点： 1、支持不同的颜色配置...

文章 合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

...对perl的要求较高，且操作比较复杂，这里我们选择使用Bcftools，操作简便。 分三步：   将vcf进行压缩，批量压缩的方法： bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz -c, --stdout write on standard output, keep original files unchanged -f,...

问题 老师您好，我想问下如何用hmmsearch在数据库中搜索同时具有两个结构域的所有蛋白质

某一个蛋白同时具有结构域A，结构域B，这个蛋白具有重要的生理功能，那么能用hmmsearch搜索同时兼具这两个结构域的所有蛋白质吗，我尝试了用hmmsearch分别搜索具有结构域A的蛋白质和具有结构域B的蛋白质，然后对得到的文件...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

Table S1. Example of R script that was used to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2...

文章 RNA分类

...是真核生物细胞核内的一种小RNA，长度约为100-300 nt，每个细胞中大约有10万到100万个分子。snRNA通常与蛋白质结合，形成snRNP（小核核糖核蛋白颗粒，small nuclear ribonucleoprotein particle），构成RNA剪接体（spliceosome）的主要成分，参...

问题 使用monocle3进行轨迹分析报错

... --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \   --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 4 这是CD4.added.celltype.rds的内容：barcodeorig.identnUMInGenegrouppercent_mitopercent_hbpercent_ribolog10GenesPerUMIcellsCC.DifferenceS.ScoreG2M.ScorePhasenCount_SCTnFeature_SCTS...

文章 screen软件快捷键修改

...办呢？ 可以创建一个~/.screenrc，并在此处添加类似 excape ^Xx 来让ctrl x 替代ctrl a ，当然你也可以使用ctrl +a 然后再输一个a来实现原本的ctrl a 的用法 在介绍一下这个screenrc的其他用法，比如原先ctrl+a的后续命令 bind c screen bind ...

问题 求助，在docker里下载镜像时报错Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": nettp: TLS handshake timeout

昨晚下载过一次镜像，当时还没有报错，但是下载了五六个小时还没好，就把电脑关机了，今天打开docker再下载镜像时就报错了

问题 抱歉打扰，我在做circos时遇到了下面问题，看到了您也遇到相似问题，想知道您是如何解决的，期待您的回复。

...rcos -conf /home/manager/share/laccasefamily/laccasecircos/config3.txt -outputdir ./ -outputfile ABRE3a debuggroup summary 0.43s welcome to circos v0.69-6 31 July 2017 on Perl 5.018002 debuggroup summary 0.43s current working directory /home/manager/share/laccasegenefamily/laccasecircos debuggrou...

文章 肾病最新研究进展：通过生物标志物检测进行早期预测和干预

...肾脏疾病，位居全球首位。 自2006年起，每年3月份的第2个星期四被定为“世界肾病日”(World Kidney Day)。 肾病 ——当代年轻人的“沉默杀手” 年初有一篇题为《我，程序员，27岁，高血压及慢性肾病》的文章爆火，引起了广泛...

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

...做？ 例如以下面paper中的图为例 实验设计是：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时...

文章 group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

...框时： #创建示例数据df <- data.frame(  group = c("A", "A", "B", "B","C","C"),  value = c(1, 0, 1, 1, 0, 0)) 如果我们想要判断每个分组中是否存在元素&gt;0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filter函数结合any函数来判断每个分组是...

文章 TCGA SNV 体细胞突变下载

...在就安装#############################################################package_list <- c("TCGAbiolinks","tidyverse","maftools")for(p in package_list){  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){    if (!requireNamespace...

文章 绘制展示基因在样本中表达量与数量的柱状图

使用方法: Rscript lnc_exp.r -h usage: lnc_exp.r [-h] -i exp_data [-l legend.position] [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width] lnc_exp_Histogram:https://www.omicsclass.com/article/1552 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i exp_...