....41 * 29 1 29 AC005523.3 209.16 476.32 * 可见30个因素都比较显著, 可以选择这些比较显著的单因素，进行下游的多因素分析。 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-基因差异表达分析》 ...
...下这款软件。 Treemix 原理 Treemix的基本原理可以分为三个要点： 1.计算协方差：使用基因频率数据计算每对群体之间的实际协方差。 2.构建最大似然树：利用基因型频率数据构建最大似然树，并计算协方差的估计值。 3.判断...
...好？数据类型不一样能放在一起组装么？ 用什么软件会更好一点处理这个问题？ 谢谢老师，期待您的回复解答。
自己按照老师在社区里面发的那个http://www.omicsclass.com/article/173 整理了一个exprSet文本，前面运行都是正常的， 到unicox（‘某基因’）这一步以后，能导出计算的数值， 我想画成图，比如has.mir.206这个miRNA， > group <- ifelse(e...
...点击“选择数据” （下图A），于弹出窗口设置数据(下图B); 一种是直接修改“图表数据区域”，鼠标点击圈选数据，并确定，即可出现饼图（下图C）;另一种是通过“添加“设置数据（下图B中2位置），于弹出框中设定”系列值...
一、gzip报错 目录下有个软链接的文件，想对它进行压缩，但是却报错 gzip: Too many levels of symbolic links 通过看gzip说明文档 可以使用 -c 标准输出到别的文件，报错就解决了 gzip -c raw.filtered.vcf > raw.filtered.vcf.gz 二、gunz...
...JSON,GFF3 -o：输出文件名 除此之外还有其他参数帮助我们更好的进行个性化的检索，比如通过-appl参数选择要搜索的库（默认全选）： 具体使用参数详见官方网站：https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest/HowToRun.html tsv格式文件...
...下的文件会按照最后一次更新的时间上下排列，并会以KB、MB等单位进行显示更加直观地显示文件大小，默认的单位是B。 du ：查看当前目录和子目录文件夹/文件大小情况 du [OPTION]… [FILE]…-c, --total 累计大小 -d, --max-depth=N 决...
...的图，具体可见长度相同，下边我把具体序列贴出来。 Gh_A03G1821.1&Gh_D12G0330.1MLSGLMNLLRACFLPRSDRHVHTSSENGGRQDGLLWYKDSGQHFNGEFSMAVVQANNLLEDQSQLESGCLSLHESGPYGTFVGVYDGHGGPETSRYINDHLFQHLKRFTSEQQGMSADVIRKAYQATEDGFLSLVTKQWPMKPQIAAVGSCCLVGVICNGTLYVANLGDSRAVLGRAVKATGEVLAIQLSAEHNV...
...v'), row.names =F) } 4.数据合并问题 （第三种方法） 这几个矩阵c("drug","follow_up","radiation","patient","stage_event","new_tumor_event","admin")可不可以直接并成一个矩阵呢？ 答案是：不可以合并多个表格的数据。 这可能是因为： 1. 随访曾...
...dowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \ -A wild -B cultivated -c 0.05 -n fst-pi.wild-vs-cultivated -f pdf fst_pi_select_sweep.r --fst Fst.wild.cultivated.windowed.weir.fst \ --pi1 pi.wild.windowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \ -A wi...
连锁不平衡 (linkage disequilibrium, LD)：指在某一群体中，不同座位上某两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象。下面通过一个例子来说明。 基因A的两个allele 分别用A和a 表示，基因B的allele分别用B和b表示，如果这...
...格，可以选择不同颜色的组，使用较大的点和透明度，以更好地评估点的密度，并去除椭圆里面的部分： > col <- funky(15)> s.class(pca1$li, pop(microbov),xax=1,yax=2, col=transp(col,.6), axesell=FALSE, cstar=0, cpoint=3, grid=FALSE)> add...
愁死了可，不知道下载哪几个文件