5 #fst 与 pi 联合 筛选受选择区域

attachments-2022-01-gRp045Zi61dbcb2c6928b.pngst 与 pi 联合 筛选受选择区域

fst_pi_select_sweep.r --fst Fst.wild.cultivated.windowed.weir.fst \

    --pi1 pi.wild.windowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \

    -A wild -B cultivated -c 0.05 -n fst-pi.wild-vs-cultivated  -f pdf


fst_pi_select_sweep.r --fst Fst.wild.cultivated.windowed.weir.fst \

    --pi1 pi.wild.windowed.pi --pi2 pi.cultivated.windowed.pi --zscore --log2 \

    -A wild -B cultivated -c 0.05 -n fst-pi.wild-vs-cultivated  -f png

attachments-2022-01-43Fss1NQ61dbca1060ed5.png

attachments-2022-01-ZFhgawSx61dbcb271ab83.pngattachments-2022-01-IJdzqgO561dbcb312f964.png

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

fst和Pi滑窗用的窗口和步长要统一,不然脚本无法合并相同的窗口进行汇总绘图:

attachments-2022-01-RjR7dU0L61dbd37f6a304.png

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  • 猫爪草 提出于 2022-01-10 14:00

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