...被另一个模型替代后信息的丧失。因此，AIC值较小的模型更好；BIC（Bayesian Information Criterion, BIC）：值越小，模型与数据拟合度越好；DT（Decision Tree，DT）将测量系统发生性能的相对分支长度误差整合到模型选择过程的方法。总...
老师您好，我有两个问题。我的转录组测了两个物种，各3个发育时期A，B，C，发育时间顺序是A到B到C一个连续的时间顺序。两个种是同科的，相对近缘。筛选差异基因的阈值相同，都选定为FDR<0.05 且 |log2FC|>1，即两倍的差异...
距离2020年研究生考试还有2个多月的时间，在这种最后冲刺的关键阶段， 每年都有各种各样“花式备考”新操作出现： 有为了省时间“不洗头”的： 有上演各种“花式占座”的： 有在朋友圈转发锦鲤的： 还有怒...
...小时完成300个单词，我们的大脑在完成小的简单任务时会更好地工作，然后，分配时间以切合实际的时间表完成活动。1小时内写300个单词对你来说太多?那你可以花改成花两个小时完成，然后一步一步调整，最终实现这个目标。...
... 15这一步，因为测序的物种是15条染色体，但运行后只有1个group出现：sample.clean.counts_GATC.15g1.txt，没有出现预期的15个group,请问是什么问题？谢谢
...蛋白ID之间都是没规律的。蛋白ID、基因ID、mTNA ID前面几个字母分别以P、G、T结尾，这个很容易解决。但后面的11位数字编码却毫无规律可谈，蛋白fa文件中，蛋白ID后面有“gene：”、“transcript：”的对应关系注释（图1）。cds的fa...
在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即可，因为GSEA网站已经给大家...
...负数据。就群落排序而言，对应分析比主成分分析（PCA）更好，更稳健，但是在处理长生态梯度时存在缺陷或者“错误”，这些问题可以通过消除趋势的对应分析（Detrended Correspondence Analysis, DCA）处理。由于在对应分析（Correspond...
...面孔，近年来circRNAs可谓是风生水起，大家一起来看看这个circRNAs到底是何方神圣吧？说不定可以成为您科研工作的有力武器！ 1 环状RNA是什么？ circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、...
...CELLO和ProtComp9.0网站预测SOS1基因在细胞中的定位，有助于更好地了解分子功能。 02. SOS1基因的染色体定位 使用MG2C网站绘制染色体定位图，图中最左侧是以百万碱基(Mb)为单位的标尺，其中一些染色体上没有SOS1基因。 03. 多...
codeml是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。对于一棵系统发育进化树，在考虑其不同序列间（site）和不同支系间（branch）的ω值不相同，...
...同样本的文件都可以用这个脚本合并到metadata中； $Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/merge_metadata_genexpdata.r [-h] -m metadata -g expset -b by [--log2] [-o outdir] [-p prefix]merge metadata and gene expr...
超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如...
...生关系 在最新的优质面包小麦基因组中，总共鉴定出35个TaPHT1，结合作者从Phytozome或NCBI数据库中收集了16种植物的109种PHT1蛋白质的序列，及一个酵母蛋白，共145个PHT1基因蛋白构建系统发育树；PHT1蛋白分为八个亚家族（I，II，II...
...素分析的问题。 但是Cox回归模型在应用时，有一个非常重要的前提条件，即比例风险（Proportional hazards）假定，简称PH假定。 PH假定的基本假设为：协变量对生存率的影响不随时间的改变而改变，即风险比值h(t)/h0(t)...