...面孔，近年来circRNAs可谓是风生水起，大家一起来看看这个circRNAs到底是何方神圣吧？说不定可以成为您科研工作的有力武器！ 1 环状RNA是什么？ circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、...
...负数据。就群落排序而言，对应分析比主成分分析（PCA）更好，更稳健，但是在处理长生态梯度时存在缺陷或者“错误”，这些问题可以通过消除趋势的对应分析（Detrended Correspondence Analysis, DCA）处理。由于在对应分析（Correspond...
...CELLO和ProtComp9.0网站预测SOS1基因在细胞中的定位，有助于更好地了解分子功能。 02. SOS1基因的染色体定位 使用MG2C网站绘制染色体定位图，图中最左侧是以百万碱基(Mb)为单位的标尺，其中一些染色体上没有SOS1基因。 03. 多...
codeml是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。对于一棵系统发育进化树，在考虑其不同序列间（site）和不同支系间（branch）的ω值不相同，...
...同样本的文件都可以用这个脚本合并到metadata中； $Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/merge_metadata_genexpdata.r [-h] -m metadata -g expset -b by [--log2] [-o outdir] [-p prefix]merge metadata and gene expr...
超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如...
老师：您好！ 1、怎么理解这个秩和检验的P值？类似我们的p-value值吗，越低显著性越高，是吗？2、Elements这项数据，有的和图中的方块数是相同的，有的值又比方块数少？{方块是20个，Elements是13}，这是为啥？望指教，谢谢！...
...素分析的问题。 但是Cox回归模型在应用时，有一个非常重要的前提条件，即比例风险（Proportional hazards）假定，简称PH假定。 PH假定的基本假设为：协变量对生存率的影响不随时间的改变而改变，即风险比值h(t)/h0(t)...
...生关系 在最新的优质面包小麦基因组中，总共鉴定出35个TaPHT1，结合作者从Phytozome或NCBI数据库中收集了16种植物的109种PHT1蛋白质的序列，及一个酵母蛋白，共145个PHT1基因蛋白构建系统发育树；PHT1蛋白分为八个亚家族（I，II，II...
谢谢
...##按metadata中的分组整理，不同分类水平分类汇总 mkdir -p collapse_table_group mkdir -p collapse_table_group for g in type time;do #这里的type group 来自metadata文件 #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling> qiime feature...
...如果有基因家族分析的脚本中需要的模块有个名称汇总就更好了
...尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文件。 splicesite和exon两个tsv文件都和课程讲解的一致。分析平台是使用服务器（32核+64G内存）搭载的课程资料中的bio-linux虚拟机（分配16核+52G内存）。 ...
...据库查看删除 # 查看所有的数据库SHOW DATABASES ; # 创建一个数据库CREATE DATABASE k;# 删除一个数据库DROP DATABASE k;# 使用这个数据库USE k; 3.数据库表查看与操作 # 查看数据库所有的表SHOW TABLES ; # 查看表的结构(以下五条语句效果相同...
topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图。ontology指定GO的分类，GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立，所以GO其实分为3个子数据库，...