基因家族分析如何能发到cells？！
基因家族分析文章常常止步于3-4分，那么5分及以上的文章该怎么写呢？上一期，给大家分享过一篇New Phytologist（IF=7分）上的硬核文章：一篇7分的文章带你领略不一样的基因家族分析（点此链接观看详细信息）；今天再给大家分享一篇2019年5月22日发表在cells（IF=5.656 (2018)，中科院期刊分区：生物2区）上的基因家族分析文章，带你领略下5+分级基因家族分析文章的魅力！
文章简介：
磷缺（P）乏是植物生长的主要限制因素之一，而丛枝菌根（AM）共生可以显着促进植物的P的吸收；在P的吸收转运过程中，PHT1转运蛋白起关键作用，多种植物已有报道，但尚未深入研究这些基因在AM共生过程中对小麦（TaPHT1）的调控和功能。所以，本文对小麦中TaPHT1基因家族进行了全面分析，包括序列，系统发育，顺式元件，表达，亚细胞定位和功能，以阐明它们在AM相关的磷酸盐转运和免疫中的作用。
主要结果：
1. 小麦和其他植物中PHT1基因的系统发生关系
在最新的优质面包小麦基因组中，总共鉴定出35个TaPHT1，结合作者从Phytozome或NCBI数据库中收集了16种植物的109种PHT1蛋白质的序列，及一个酵母蛋白，共145个PHT1基因蛋白构建系统发育树；PHT1蛋白分为八个亚家族（I，II，III，IV，V，VI，VII和VIII组），小麦中35种TaPHT1蛋白均分组到八个亚家族中的五个亚家族之一：3、3、10、10和9，分别属于I，III，VI，VII和VIII组，如下如：
2. 小麦，拟南芥和水稻中PHT1基因的序列特征
使用Pfam和TMHMM预测了小麦，水稻和拟南芥中PHT1蛋白，35种TaPHT1、9种AtPHT1和13种OsPHT1蛋白的的功能性和跨膜结构域；它们都具有9个以上的跨膜结构域和一个典型的Sugar_tr结构域（PF00083），表明PHT1蛋白属于糖转运蛋白超家族；根据内含子的数量和阶段，将35个TaPHT1、13个OsPHT1和9个AtPHT1基因的结构分为六种类型，如下图：
3. 小麦中PHT1基因的染色体分布和复制模式
35个PHT1基因中有34个不均匀分布在13条染色体上，1个在scaffold上；并用BLASTP和MCscanX进行的基因复制模式分析，如下图；并计算了TaPHT1基因对的Ka / Ks比，如下表。
4. 小麦中PHT1基因顺式作用元件分析
作者截取TaPHT1s基因2kb上游区域进行顺式作用元件分析，结果显示TaPHT1s具有参与Pi和AM反应的潜在调控元件。
5. AM真菌降低了营养阶段小麦的Pi含量和生物量
接种两种AM真菌F. mosseae和G. versiforme后六周，根部真菌结构的染色表明，接种后菌根共生关系良好，如下图：
收获了小麦植株的根，分析了它们的生物量和Pi含量，结果显示：AM真菌降低了营养阶段小麦的Pi含量和生物量。
6. TaPHT1基因表达模式响应AM和真菌病原体的变化
首先在高和低Pi条件下，在AM接种的小麦根中研究了TaPHT1基因的转录水平（图A）；图B展示的是小麦被半生养真菌B. sorokiniana和坏死性病原体Ggt侵染后TaPHT1s的表达情况，以测试TaPHT1s被病原性真菌定植转录诱导的可能性。
最后，对在高和低Pi条件下，两种AM物种都高度激活了七个TaPHT1的表达模式进行了更详细的展示，如下图：
7. TaPT29-6A定位于质膜中
能被AM诱导的TaPT29-6A基因预测有12个跨膜结构域，洋葱表皮细胞TaPT29-6A-GFP融合蛋白显示其定位在质膜中。
8. TaPT29-6A是共生和非共生Pi摄取所必需
作者通过TaPT29-6A的敲除系以及AM接菌实验，证明TaPT29-6A可能在共生和非共生途径中均作为Pi吸收的负调节剂存在，如下图：
9. 沉默TaPT29-6A可降低AM真菌对小麦的定殖以及增加对病原微生物的敏感性
TaPT29-6A敲除植株接菌实验显示，沉默TaPT29-6A可降低AM真菌对小麦的定殖；并且可以增加对根系病原体Ggt和B. sorokiniana的敏感性，如下图：
如上，这是该篇文章全部的结果部分内容，可以看到，文章除了常见的生信分析内容外，还进一步对筛选出来的基因进行了功能验证，这也是此文能发5+分的基础，总的来说，是一篇非常不错的论文，值得精读效仿！
更多文章信息请下载原文阅读。
参考文献：Integrative Analysis of the Wheat ntegrative Analysis of the Wheat PHT1 Gene Family Reveals A Novel Member Involved in Arbuscular Mycorrhizal Phosphate Transport and Immunity. Yi Zhang at all. Cells, 2019 05 22; 8(5) .
总有同学咨询基因家族分析类文章可以投哪些期刊，闲暇之余，小编就整理了一下接收过基因家族分析类文章的期刊，供您投稿时参考！
此Excel包含信息如下：期刊名称、期刊名缩写、影响因子、中科院分区、大小学科分类、录用比例、审稿周期、期刊主页网址，部分期刊列表见下方截图（领取方法见文末）：
如您需要此汇总表，请关注组学大讲堂公众号，转发该文章至您的朋友圈并截图，然后在公众号对话框内发送截图并留言关键词：期刊，即可获得该excel统计表（注意关键词需写全）。
假如您想自学基因家族分析技能或者想分析某家族基因都可以联系本公众号小编微信：llcheng1314.
日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决：
1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操
2. 2区文章发文新思路，0实验就能发文章，省钱省时间，套路化内容好写易发表，0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析链接：最新基因家族分析 ；最新版泛基因家族分析
3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ；
4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就可以分析，0基础学习链接：代谢组分析实操
3. 现在才是发表T2T基因组/泛基因组文章的好时机，成本低，好发表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析
4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，提升文章亮点，勇敢冲击NGS顶刊，学习链接：群体遗传进化GWAS分析 ；
5. 传统图位克隆研究方法经久不衰，有遗传群体，有性状，自己就可以做，学习链接：遗传图谱构建与QTL分析
6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析
7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文章好发，性价比极高，学习链接：线粒体基因组分析实操 ；叶绿体基因组分析实操
8. 数据分析硬件利器，个人分析能力的倍增器，好用便宜的云生信服务器，专门为高通量测序数据分析而生，了解链接：云生信服务器
9. 免费好课，个人能力提升，生信入门，不可错过，内容涵盖：生信语言与工具基础、R语言绘图、常见科研绘图、数据处理技能等，免费好课总入口：
10. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击进入组学大讲堂网校学习
- 发表于 2019-10-19 16:56
- 阅读 ( 4346 )
- 分类：基因家族分析
