我最LD 分析的时候，用的参数是 PopLDdecay -InVCF $workdir/00.filter/Europe-snp-2.vcf.gz \
-SubPop ${i}_popid.txt -MaxDist 100 -OutStat ${i}.stat
Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld
数据是50k的山羊SNP芯片，位点有43000个snp,做出来的图如下：感觉这个图不太正常，是哪个参数设置的不对吗？
对的，芯片SNP太少了，数据不够多，不平滑正常的；
山羊基因组大，重测序百万级SNP 做LDdecay可以平滑
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