5 系统发育树:基因结构比较散，长度差异大，如何绘制满意的系统发育树？
老师，您好！我目前在学习基因家族分析，在构建进化树时一直无法获得一个结果较好的树
猜想主要原因是由于Alignment时本来就比得不齐，比对结果如下
删除空白gap后：
导出mega formate打开：比对结果如下，只有一列保守的区域，显然不符合一个基因家族的特性
使用的软件是MEGA，采用了clustalw和Muscle两种方法，比出的结果都不尽人意。
于是绘制了该基因家族的motif结构图:
可以看出该基因家族的基因长度差异较大，motif的分布也比较散，
请教一下老师，在这种情况下，我该如何取舍以获得一个良好的系统发育树呢？
是该舍弃掉那些太长或太短的基因吗？可是他们又的确是含有保守结构域的呀？
还是需要手动修正一下序列比对呢？
还望老师不吝赐教，万分感谢！
最佳答案 2018-10-27 21:00
应该是序列差异太大，可以删除一些大的gap，或者删除一些差异大的基因：
https://www.omicsclass.com/article/221
如果基因全长序列差异太大，建议截取结构域所在序列构建进化树；
如果要编辑MEGA输出的多序列比对结果建议用genedoc：https://www.omicsclass.com/article/502
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
