RNA-seq分析,用index.sh建立索引exons.tsv文件为空

用index.sh脚本,根据全基因组的.fa文件、gff文建立索引时,生成的exons.tsv文件为空,splicesites.tsv为空。报错说没有gene_id,gtf文件是由gff生成,是因为gtf文件里缺失gene_id吗?那该怎么整理补齐呢?请老师指点,谢谢老师~

报错如下:attachments-2020-05-z9k0TLJH5ed27151cb6cb.png

gff文件如下:

attachments-2020-05-2gOo7AAp5ed2719eb4b46.png

用gff文件自动生成的gtf文件如下:

attachments-2020-05-5B3QUHhx5ed325bdb7017.PNG

请老师指点!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

刚刚看你的问题,你的GFF文件不是标准的GFF文件,第三列没有gene标识,

建议添加gene行,可参考这里修改:https://www.omicsclass.com/article/816

提示:看你做的物种为棉花,由于棉花基因组较大,会消耗大量的内存,自己的笔记本建立该物种索引可能由于内存限制可能会建立不成功,可联系我们帮你建立;

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