我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时,运行命令后,并没有生成去除重复reads后的bam文件,请问是什么原因?

在进行双亲和混池四个样本的比对分析后,转换成排好序的bam文件,然后利用GATK进行标记重复reads时出现如下情况,没有生成标记后的bam文件,求指教

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

信息都被抹掉了,怎么看出问题?

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