我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时,运行命令后,并没有生成去除重复reads后的bam文件,请问是什么原因?

在进行双亲和混池四个样本的比对分析后,转换成排好序的bam文件,然后利用GATK进行标记重复reads时出现如下情况,没有生成标记后的bam文件,求指教

attachments-2019-12-3Wr4HL6c5df4765fa3c8c.pngattachments-2019-12-aXFIoVfV5df4768f5fd02.png

请先 登录 后评论

2 个回答

lxw

兄弟你解决了吗,我遇到了一样的问题

请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

信息都被抹掉了,怎么看出问题?

请先 登录 后评论