可能网址弄错了吧,或者网络的原因。 我们现在不怎么用biolinux虚拟机,用更好的工具docker; 最近有个数据下载课程,可以看一下:
回答于 2020-06-03 09:41
当然可以的,做的多了可以做成数据库,发高分文章,例如这篇转录因子基因家族分析,很多家族很多物种,发表在NAR上:http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/index.php
回答于 2020-06-02 15:56
当然可以的,做的多了可以做成数据库,发高分文章,例如这篇转录因子基因家族分析,很多家族很多物种,发表在NAR上:http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/index.php
回答于 2020-06-02 15:53
文件格式有问题吧,你的bed文件才14行,有问题吧 如果基因这么少,没必要用mcscan比较基因组分析了;做个blast就好了
回答于 2020-06-01 11:34
刚刚看你的问题,你的GFF文件不是标准的GFF文件,第三列没有gene标识, 建议添加gene行,可参考这里修改:https://www.omicsclass.com/article/816 提示:看你做的物种为棉花,由于棉花基因组较大,会消耗大量的内存,自己的笔记本建立该物种索引可能由于内存限制可能会建立不成功,可联系我们帮你建立;
回答于 2020-06-01 11:31
可到perl官方网站下载,根据自己的操作系统选择对应的版本:https://www.perl.org/get.html
回答于 2020-06-01 11:24
只有VCF文件不行,你需要计算SNP-index才行,然后再分析绘图,可参考这种:https://github.com/bmansfeld/QTLseqr
回答于 2020-06-01 10:29