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老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous gr...
Reading homologous groups from homo_pairs.txt1: 100 groups Reading nucleotide sequences from Input_cds.fa: 118339 nucleotide sequences Reading amino acid sequences from Input_pep.fa: 118339 amino acid sequences 看看这些文件里面的序列ID是否一致 100 行基因的ID是否在序列里面
回答于 2024-12-03 13:17
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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容
你需要把要分析的数据用filezillia上传到服务器才行。 linux基础课需要学习一下：https://bdtcd.xetlk.com/s/17gwqZ
回答于 2024-12-01 08:22
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genome
这个你要看看文件说明，或者自己打开看看的； 我推测 chr版本是染色体的，不包含其他scaffold； 另外文件是包含所有序列的，如果要完整的话建议选择这个文件； 具体还需要你去打开文件观察验证的；
回答于 2024-11-29 11:03
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老师，就是我把重测序个体分为三组进行SNP扫描，然后把三次扫描...
样本多建议每个样本先生成GVCF，再合并。 你贴的haplotypecaller命令生成的是VCF不是GVCF，下面的代码合并会会报错： 大样本 call SNP 生成GVCF这部分内容重测序课程里面有，你看看的：点击学习：https://bdtcd.xetlk.com/s/1VQOjQ
回答于 2024-11-29 07:19