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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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在利用GAPIT做GWAS分析的时候,到第二步可视化绘图的时候出error

出现error的脚本的所有输入文件都截图一下,我才好给你分析原因, 我猜你的输入文件有问题导致出错

回答于 2022-03-09 09:24

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老师好,我的docker镜像下载后,不能运行,应该怎么办?

看看这个: https://www.omicsclass.com/question/4105

回答于 2022-03-08 11:33

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docker中的omicsclass/r-server镜像使用问题:无法与服务器的文...

你是在Linux系统中运行docker吗? 如果你的路径存在,你需要在 R中运行  setwd("/work")    才是你的工作目录; 看看这个课程:https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1211743803&share=2&shareId=400000000234009

回答于 2022-03-08 11:00

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老师好!我分别用课程里fst, pi, TajimaD 方法筛选出的top5%基因...

自己可以在excel里面手动筛选一下,排除一下是否有错误;

回答于 2022-03-07 13:54

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Fst与Pi联合,筛选受选择区域

你可以查看一下你的VCF文件,这段应该是没有SNP,直接跳过了;

回答于 2022-03-07 11:34

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老师,您好。想问一下,我做的基因家族有好几个pfam文件,hmmer...

可能一个基因有多个不同的结构域造成的;

回答于 2022-03-07 11:33

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老师您好,我想问一下小麦扫描的90K芯片数据进行GWAS分析,在GWA...

芯片的数据也可以生成VCF文件,因此不需要fastq文件, 你做的芯片数据,让公司直接给你变异结果SNP文件即可, 最好以VCF文件格式给你,这样你就可以直接用于GWAS或者群体遗传进化分析

回答于 2022-03-07 11:32

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tassel做PCA分析时候的报错

查看一下对应的行格式是否有问题, 可能是上一般hmp文件生成有问题,你重新生成一下这个文件

回答于 2022-03-07 11:30

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怎样安装docker

windows安装docker可以看这里:https://www.omicsclass.com/article/1198  linux安装docker看这里 : https://www.omicsclass.com/article/1181 

回答于 2022-03-02 16:47