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cafe5 Families with largest size differentials:
作者回复：if families are changing too rapidly, it becomes hard to infer their most likely ancestral state, and therefore whether there have been gains or losses on a specific branch. But if you’d like to get a non-exact idea of what’s going on, you could try analyzing these families while setting l...
回答于 2023-02-11 09:43
如何获取顺势作用原件分析的gene.bed和feature.bed文件
基因家族 课程里面有讲的，你看看课程：https://study.omicsclass.com/index
回答于 2023-02-10 17:01
GWAS分析中，Emmax对于SNP数量是否有要求？
这个GWAS关联分析SNP的数量，关联分析群体的基因组平均连锁距离有关，平均连锁距离越大需要的SNP序列越少； 这个可以用群体遗传进化分析中的LDdecay分析得到群体平均连锁距离。 并不是SNP数量越多越好，因为处在同一个连锁区段的SNP，选取其中一个SNP代表这个单倍型就行。
回答于 2023-01-31 23:30
基因组课程结构注释：未提及Iso-seq全长转录组如何使用
三代的数据可以用pacbio的isoseq工具得到转录本序列，用cdhit去冗余之后的序列输入PASA就行； 如果觉得三代的质量好就设置这些ID到：FL_accs.txt 注意：gmap和blat，minimap的功能一样。我们的基因注释docker镜像中PASA用gmap比对可能得不到结果，所有没有设置，用minimap和lbat效果一样的 参考： https://github.c...
回答于 2023-01-30 12:16