omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
14482金币数
81870 经验值
447个粉丝
主页被访问 89264 次

4106 个回答

0 赞同

进行bugbase运行时候老报错

输入的文件有问题吧,你对比下例子的文件

回答于 2023-08-14 09:26

1 赞同

基因结构信息统计脚本报错

建议用课程里面的,ATAG软件包处理一下,再用这个脚本统计, 不然可能由于GFF文件没有排序,格式不标准导致出差错; #保留蛋白编码基因agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $database/homo_protein/osa.gff.gz --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o Oryza_sativa.protein_coding.gff3#...

回答于 2023-08-14 09:25

0 赞同

做选择清楚分析的时候,pi_manhattan_plot.r -i FS_C.windowed.p...

输入文件都截图看看的,文件之间染色体编号不一致吧,你检查一下;

回答于 2023-08-14 09:22

0 赞同

kmer分析与最后组装基因组大小不同

kmer评估有误差,你检查是否评估错了; 组装看看去冗余是不是去多了; 真正想知道基因组大小建议做流式细胞;

回答于 2023-08-14 09:21

0 赞同

关于基因组注释中mysql 语句创建用户的问题

可能用到的mysql版本不对,你自己手动加载课程资料百度网盘里面的mysql镜像试试的;

回答于 2023-08-14 09:19

0 赞同

请问老师,我计算的测序深度1×才61.41% ,这个数值是很低嘛?课...

测序覆盖不均匀,数据质量不好

回答于 2023-08-14 09:14

0 赞同

我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such...

文件路径有问题,你写出路径了,软件找不到文件

回答于 2023-08-14 09:14

0 赞同

LTR_retriever结果问题

solo-LTR  这个分析没有,需要自己手动筛选才行;

回答于 2023-08-11 17:07

0 赞同

docker怎么设置镜像以及内存,最后一张图是基因家族分析课程里面...

docker 内存设置方法:https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2023-08-11 08:44

0 赞同

叶绿体基因组GetOrganelle组装时出现killed,程序终止。

内存不够超了,系统自动杀死任务了,你启动docker容器的时候内存多设置一些:比如  -m  50G 

回答于 2023-08-09 11:17