omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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structure_plot.r 停止调用

注意空格，linux用空格区分命令不同部分：

回答于 2023-10-13 10:07

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数据量够的话，可以不用处理，污染的序列比对不上参考基因组，对结果影响不大；主要是污染数据，数据量相对减少了；如果比对之后平均深度能达到分析要求就可以了

回答于 2023-10-11 11:31

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你观察数据就知道了，SNP用VCF文件记录，你看看这个，写个perl脚本自己过滤一下就行： https://www.omicsclass.com/article/847

回答于 2023-10-11 11:28

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你是用的我们提供的docker镜像吗？在镜像里面分析数据我们都经过测试没问题的；如果没有使用我们的镜像，是你你自己安装的R包有问题，需要更新这个脚本需要的R包到最新：enrichKEGG_pip.R

回答于 2023-10-11 11:13

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是在windows里面的docker运行的吗？你可以把这些脚本加可执行权限试试：chmod a+x *pl

回答于 2023-10-11 11:09

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镜像用错了吧，用基因家族2.0的镜像才可以；

回答于 2023-10-10 10:07

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不用过滤，污染的reads不会比对到参考基因组，不会影响用于call SNP，也就不会影响call SNP的结果；

回答于 2023-10-09 20:42

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fna也是fasta文件格式，你打开看看就知道了；不需要转换

回答于 2023-10-09 16:16

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我们有课程，你可以看课程，里面详细介绍了同源基因的kaks计算：https://bdtcd.xet.tech/s/24yiRs

回答于 2023-10-09 16:14

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blast支持按物种比对，不需要分库了：https://www.omicsclass.com/article/2235

回答于 2023-10-08 13:06