你是用的我们提供的docker镜像吗?在镜像里面分析数据我们都经过测试没问题的; 如果没有使用我们的镜像,是你你自己安装的R包有问题,需要更新这个脚本需要的R包到最新:enrichKEGG_pip.R
回答于 2023-10-11 11:13
不用过滤,污染的reads不会比对到参考基因组,不会影响用于call SNP,也就不会影响call SNP的结果;
回答于 2023-10-09 20:42
我们有课程,你可以看课程,里面详细介绍了同源基因的kaks计算:https://bdtcd.xet.tech/s/24yiRs
回答于 2023-10-09 16:14
我们有BSA视频课程,里面有脚本自动计算阈值线0.99,0.95:https://bdtcd.xet.tech/s/1w3axx
回答于 2023-10-08 13:01
有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基 ,ANNOVAR处理不了,这是作者的回答:https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/ 解决办法就是将 ambiguous 碱基根据IUPAC :(https://www.omicsclass.com/article/409 )编码替换成一单个碱基;
回答于 2023-10-07 10:05