omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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群体重测序, 进化树中如何添加外群?

你的物种和拟南芥一起找到基因组同源的区域SNP放在一起做进化树即可；

回答于 2023-10-15 08:16

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我们不用v-box了用docker吧：https://www.omicsclass.com/article/1198

回答于 2023-10-15 08:14

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有示例数据，你照着示例数据准备即可：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Load/Load 单年的按照这个格式：

回答于 2023-10-13 12:55

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这个看你不同染色体组之间的亲缘关系远近，较远可以一起分析，较近建议分开分析；

回答于 2023-10-13 11:27

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文件格式是不是损坏了，导致程序读入出错？或者你的PASA数据库前后要一致；

回答于 2023-10-13 10:24

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软件的推荐当然选27；但是分群也要结合自己对自己样本来源遗传背景的了解，是否可以接受27个分群；

回答于 2023-10-13 10:20

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需要过滤的这里我们有挂载基因组并手动调整的视频课程：https://bdtcd.xet.tech/s/2TnPfm

回答于 2023-10-13 10:12

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没用过这个juicer.sh，安装使用很麻烦我们这里有组装挂载的视频，你可以看看：https://bdtcd.xet.tech/s/2TnPfm

回答于 2023-10-13 10:11

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不建议用NCBI上的参考基因组，GFF格式不标准导致脚本报错；

回答于 2023-10-13 10:09

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文件格式问题，你看看： line 17 did not have 10 elements

回答于 2023-10-13 10:08