omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

有2个问题想请问老师，1基因名字字体过大，如何调整字体，2进化...

看看这个pheatmap参数调整一下这个两个参数：https://www.omicsclass.com/article/1162

回答于 2024-01-04 09:39

0 赞同

输入文件的行名有重复的，你检查检查：all_gene_count.tsv J1_vs_J2.compare.txt

回答于 2024-01-04 09:34

0 赞同

你把这个文件default_settings.txt从sccripts文件夹拷贝到你的当前文件夹，才行；或者按照课程里面的方式运行；

回答于 2024-01-03 19:21

0 赞同

vcftools 没有这个功能，你可以看看他的帮助：https://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

回答于 2024-01-03 11:14

0 赞同

看看文件路径是否正确吧，你检查路径：./output/kin.sXX.txt

回答于 2024-01-03 10:45

0 赞同

看看文件路径是否正确吧，你检查路径：./output/kin.sXX.txt

回答于 2024-01-03 10:45

0 赞同

不同物种搜索鉴定的时候可以分开进行，最后绘图展示可以合并一起，比如进化树，不同的序列可以直接cat一起即可就可以做进化树了；镜像随便用反复用都可以，有hmm模型可以不用blast鉴定；

回答于 2024-01-03 10:44

0 赞同

这个报错没遇到过，新版的GATK不推荐用这个方法了，用：GenomicsDBImport 导入数据库，再 GenotypeGVCFs 具体可以看课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ

回答于 2024-01-03 10:40

0 赞同

sqlite数据库不需要任何配置，我们的镜像已经配置好了，直接使用即可, 不需要link docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work omicsclass/genome-annotation

回答于 2024-01-02 10:57

0 赞同

你的GFF里面有些基因注释可能有问题，需要测试检查才行；看看 log文件中有啥提示没有

回答于 2024-01-02 10:55