omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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在使用gapit完成gwas分析后，出图时出现如下错误，输出的图只有...

检查输入文件是否有问题，重点FAI文件染色体明着pvalue文件染色体是否一致

回答于 2024-01-07 21:30

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admixture 分析没有正确完成吧，有些文件没有生成，你检查检查的；

回答于 2024-01-06 23:49

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建议用我们提供的docker镜像，比较基因组镜像里面安装了这个软件；

回答于 2024-01-06 11:09

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检查软件参数是否前后一致，

回答于 2024-01-06 11:08

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命令行写错了吧，你检查输入文件和命令行，指导的分组列名在不在你的分组文件里面

回答于 2024-01-06 11:06

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更新的回答，你看看的：https://www.omicsclass.com/question/6456

回答于 2024-01-05 12:21

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可以的，只不过你这个基因组没有组装到染色体水平，有些关于染色体相关的展示就做不了了，比如共线性分析

回答于 2024-01-05 12:17

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这个文件格式有问题，你用less打开看看和例子对比一下：还有文件路径对不对，ll的路径和你运行命令的路径不一样，你检查一下；

回答于 2024-01-05 11:04

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建议用我们的docker镜像，里面安装了所有的软件，自己的服务器需要自行安装相应的软件或者包；建议找服务器管理员安装一下；

回答于 2024-01-05 11:01

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$genome 这个变量你没有设置吧，检查带有$开头的变量设置是否正确

回答于 2024-01-05 09:13