omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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基因家族分析orthfinder运行过程中出现的问题

没看到报错，看样子是中断了；你重新运行看看的，建议后台运行，保留日志文件好查错；在命令前加 nohup 结尾加& 符号后台运行

回答于 2023-12-26 11:25

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没到染色体不建议分析CNV，修改一下这个：-lenFilter 可以改小一些，保留更多的scaffold

回答于 2023-12-26 11:22

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circos出来的图有个svg文件，你输入到adobe illustrator 里面手动修改一下

回答于 2023-12-26 11:19

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有平滑的参数：设置这几个参数：Plot_OnePop.pl

回答于 2023-12-25 20:07

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序列有问题吧，你检查检查的；

回答于 2023-12-24 19:25

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你下载的是原始测序数据，需要做转录组得到基因表达量才行：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2023-12-24 19:23

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多行命令建议写到，一个SH文件里面，运行 reseq.sif sh w.sh

回答于 2023-12-22 21:12

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加上参数 -keepR ，会有一个R脚本输出，修改里面的参数PNG 参数如果不会R，可以用pdf版本的图片，用AI转换PNG

回答于 2023-12-22 16:10

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我看么问题，都根据你的设置变颜色了；

回答于 2023-12-21 22:02

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输入文件格式不标准吧，你截图贴一下输入文件，看看分组名字在不在table和metadata里面

回答于 2023-12-21 10:56