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omicsgene - 生物信息
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擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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4143 个回答

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在进行structure分析时，我按照步骤一直做，然后做图那步骤时候...

admixture 分析没有正确完成吧，有些文件没有生成，你检查检查的；

回答于 2024-01-06 23:49

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为什么找不到如下路径呢？？CAFE软件如何安装？

建议用我们提供的docker镜像，比较基因组镜像里面安装了这个软件；

回答于 2024-01-06 11:09

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请问用相同的文件，只是把名字改了一下，然后docker自动把重复的...

检查软件参数是否前后一致，

回答于 2024-01-06 11:08

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在gwas分析制作进化树时，出现如下报错

命令行写错了吧，你检查输入文件和命令行，指导的分组列名在不在你的分组文件里面

回答于 2024-01-06 11:06

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hummersearch命令出错-2

更新的回答，你看看的：https://www.omicsclass.com/question/6456

回答于 2024-01-05 12:21

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基因家族鉴定数据准备

可以的，只不过你这个基因组没有组装到染色体水平， 有些关于染色体相关的展示就做不了了，比如 共线性分析

回答于 2024-01-05 12:17

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hmmersearch命令出错

这个文件格式有问题，你用less打开看看和例子对比一下： 还有文件路径对不对，ll的路径和你运行命令的路径不一样，你检查一下；

回答于 2024-01-05 11:04

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注释完绘图出现报错信息

建议用我们的docker镜像，里面安装了所有的软件， 自己的服务器需要自行安装相应的软件或者包；建议找服务器管理员安装一下；

回答于 2024-01-05 11:01

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docker 基因家族鉴定提取CDS序列 命令报错

$genome 这个变量你没有设置吧，检查带有$开头的变量设置是否正确

回答于 2024-01-05 09:13

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在构建进化树的时候，发现分组与拟南芥中的不同，比如A4分组被分...

进化树结构与预期不符解决办法： 1.调整序列比对结果，trimAL 参数调整 2. 构建进化树的方法换一下试试，NJ，ML等 3.如果是ML法，选择的核算或者氨基酸的替换模型可以换一下试试 建议看看进化树构建原理，希望对你有所启发：https://www.omicsclass.com/article/2010

回答于 2024-01-05 09:11