omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
14308金币数
80900 经验值
442个粉丝
主页被访问 86192 次

4089 个回答

0 赞同

老师,构建拟南芥特异性nbs基因家族hmm文件进行hmmsearch(e-20...

我看绝大多数文章都是需要使用数据库确认结构域的,以确保结果的准确性;  你要是能却认结果的准确性,不进行这一步也是可以的; 

回答于 2019-09-30 17:27

0 赞同

GO层级整理

GO层次关系存在这一个obo的文件里面,直接下载就好:http://geneontology.org/docs/download-ontology/ 如果需要整理的话,需要自行编写perl或者python脚本才能完成, perl入门到精通、perl语言高级   python: https://www.omicsclass.com/article/1031

回答于 2019-09-29 10:21

0 赞同

老师,你好。在做有参转录组分析,转录本基因表达量出来之后,发...

肯定是有的,你检查你定量用的基因组基因注释文件gff或者gtf文件,手动搜索确认一下是否含有这些ID; 

回答于 2019-09-29 09:53

0 赞同

你好,我想问一下,为什么分染色体提取的序列有的能全部提取到,...

如果输入的文件只有一条信息,当然出一条序列了;  看你做的应该是小麦的,有可能是染色体太大,内存限制了;

回答于 2019-09-29 09:52

0 赞同

Trimmomatic软件可不可以去除hiseq4000的接头

只要知道具体的接头序列就可以去除。接头序列可以咨询测序公司。一般测序公司给的数据都是去过接头做过质控的,你不需要处理。

回答于 2019-09-29 09:44

0 赞同

您好,我在数据库中搜索到了某个物种基因组测序的SRA序列,但没...

SRA数据库里面都是高通量测序的原始数据,不能对基因家族基因进行注释; 我想你是想做基因家族表达量分析吧,那基因组重测序数据不能做表达分析,你需要找转录组测序数据才行;

回答于 2019-09-29 09:43

0 赞同

无参转录组比对达到多少。认可为相应基因?

没明白你的问题,无参转录组是通过转录组的reads 组装出来的unigene,和比对没么有关系。

回答于 2019-09-29 09:41

0 赞同

基于R语言开发的软件包存放在哪里?

R的包绝大多数都存放在这两个地方,也有在GitHub上的,这个你要用哪个包,看看包的说明就知道了;

回答于 2019-09-29 09:40

0 赞同

基因家族在求串联复制是,是自己写perl 脚本根据在染色体上距离...

这是两种方法分析相同的问题,任选其一的结果就行。

回答于 2019-09-29 09:39

0 赞同

eclipse 安装好了,也打开了,不过安装不了Perl和pydev.既不显示...

你点一下learn more 看看为啥不能安装。 我刚刚试了我的eclipse是可以安装的; 

回答于 2019-09-26 14:09